gnina/gnina

gnina

使用卷积神经网络进行分子对接的Docker镜像，支持配体与受体结合模式预测，适用于药物研发和蛋白质-配体相互作用研究。

3 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：gnina仓库类型：镜像最近更新：10 个月前

轩辕镜像，加速的不只是镜像。点击查看

中文简介版本下载

轩辕镜像，加速的不只是镜像。点击查看

gnina Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

gnina Docker镜像是基于卷积神经网络的分子对接工具容器化版本，旨在提供便捷、无需复杂环境配置的分子对接解决方案。该镜像封装了gnina工具及其依赖，可直接用于配体与受体蛋白的结合模式预测，广泛应用于药物发现、蛋白质-配体相互作用研究等场景。

核心功能和特性

基于卷积神经网络：采用深度学习算法提升分子对接准确性
自动对接区域定义：通过晶体配体（--autobox_ligand）自动划定对接盒子范围
文件系统挂载：支持本地目录与容器目录映射，实现输入文件读取和输出文件保存
零环境配置：无需手动安装依赖库，直接通过Docker命令启动运行

使用场景和适用范围

药物研发中的虚拟筛选和配体结合模式预测
学术研究中蛋白质-配体相互作用机制分析
高通量分子对接任务的快速部署与执行
跨平台分子对接工具的标准化运行环境

详细使用方法和配置说明

前置条件

已安装Docker引擎（支持Linux、Windows、macOS）
本地准备以下输入文件：
- 受体蛋白文件（.pdb格式，如rec.pdb）
- 配体文件（.sdf格式，如lig.sdf）
- 晶体配体文件（.mol2格式，用于定义对接区域，如crystal_ligand.mol2）

基础使用命令

通过docker run命令启动容器并执行分子对接，基本语法如下：

bash
docker run -v [本地目录]:/scr gnina/gnina gnina -r [受体路径] -l [配体路径] --autobox_ligand [晶体配体路径] -o [输出路径]

参数说明

参数	描述
`-v $(pwd):/scr`	将当前工作目录挂载到容器内的`/scr`目录，实现文件共享
`-r /scr/rec.pdb`	指定容器内受体蛋白文件路径（需对应本地挂载目录中的.pdb文件）
`-l /scr/lig.sdf`	指定容器内配体文件路径（需对应本地挂载目录中的.sdf文件）
`--autobox_ligand`	通过晶体配体文件自动计算对接盒子边界
`-o /scr/docked.sdf`	指定对接结果输出路径（容器内路径，对应本地挂载目录下的输出文件）

部署示例

将配体lig.sdf对接到受体rec.pdb，并以crystal_ligand.mol2定义对接区域，执行命令如下：

bash
# 将当前目录挂载到容器/scr，运行对接并输出结果到docked.sdf
docker run -v $(pwd):/scr gnina/gnina gnina -r /scr/rec.pdb -l /scr/lig.sdf --autobox_ligand /scr/crystal_ligand.mol2 -o /scr/docked.sdf

输出说明

运行成功后，在本地挂载目录（当前工作目录）将生成输出文件docked.sdf，包含：

配体与受体的预测结合构象
对接分数及相关能量参数
配体在受体活性口袋中的空间取向信息

轩辕镜像配置手册

探索更多轩辕镜像的使用方法，找到最适合您系统的配置方式

Docker 配置

登录仓库拉取

通过 Docker 登录认证访问私有仓库

专属域名拉取

无需登录使用专属域名

K8s Containerd

Kubernetes 集群配置 Containerd

K3s

K3s 轻量级 Kubernetes 镜像加速

Dev Containers

VS Code Dev Containers 配置

Podman

Podman 容器引擎配置

Singularity/Apptainer

HPC 科学计算容器配置

其他仓库配置

ghcr、Quay、nvcr 等镜像仓库

Harbor 镜像源配置

Harbor Proxy Repository 对接专属域名

Portainer 镜像源配置

Portainer Registries 加速拉取

Nexus 镜像源配置

Nexus3 Docker Proxy 内网缓存

系统配置

Linux

在 Linux 系统配置镜像服务

Windows/Mac

在 Docker Desktop 配置镜像

MacOS OrbStack

MacOS OrbStack 容器配置

Docker Compose

Docker Compose 项目配置

NAS 设备

群晖

Synology 群晖 NAS 配置

飞牛

飞牛 fnOS 系统配置镜像

绿联

绿联 NAS 系统配置镜像

威联通

QNAP 威联通 NAS 配置

极空间

极空间 NAS 系统配置服务

网络设备

爱快路由

爱快 iKuai 路由系统配置

宝塔面板

在宝塔面板一键配置镜像

需要其他帮助？请查看我们的常见问题Docker 镜像访问常见问题解答或提交工单

镜像拉取常见问题

使用与功能问题

配置了专属域名后，docker search 为什么会报错？

docker search 限制

Docker Hub 上有的镜像，为什么在轩辕镜像网站搜不到？

站内搜不到镜像

机器不能直连外网时，怎么用 docker save / load 迁镜像？

离线 save/load

docker pull 拉插件报错（plugin v1+json）怎么办？

插件要用 plugin install

WSL 里 Docker 拉镜像特别慢，怎么排查和优化？

WSL 拉取慢

轩辕镜像安全吗？如何用 digest 校验镜像没被篡改？

安全与 digest

第一次用轩辕镜像拉 Docker 镜像，要怎么登录和配置？

新手拉取配置

错误码与失败问题

docker pull 提示 manifest unknown 怎么办？

manifest unknown

docker pull 提示 no matching manifest 怎么办？

no matching manifest（架构）

镜像已拉取完成，却提示 invalid tar header 或 failed to register layer 怎么办？

invalid tar header（解压）

Docker pull 时 HTTPS / TLS 证书验证失败怎么办？

TLS 证书失败

Docker pull 时 DNS 解析超时或连不上仓库怎么办？

DNS 超时

Docker 拉取出现 410 Gone 怎么办？

410 Gone 排查

出现 402 或「流量用尽」提示怎么办？

402 与流量用尽

Docker 拉取提示 UNAUTHORIZED（401）怎么办？

401 认证失败

遇到 429 Too Many Requests（请求太频繁）怎么办？

429 限流

docker login 提示 Cannot autolaunch D-Bus，还算登录成功吗？

D-Bus 凭证提示

为什么会出现「单层超过 20GB」或 413，无法加速拉取？

413 与超大单层

账号 / 计费 / 权限

轩辕镜像免费版和专业版有什么区别？

免费版与专业版区别

轩辕镜像支持哪些 Docker 镜像仓库？

支持的镜像仓库

镜像拉取失败还会不会扣流量？

失败是否计费

麒麟 V10 / 统信 UOS 提示 KYSEC 权限不够怎么办？

KYSEC 拦截脚本

如何在轩辕镜像申请开具发票？

申请开票

怎么修改轩辕镜像的网站登录和仓库登录密码？

修改登录密码

如何注销轩辕镜像账户？要注意什么？

注销账户

配置与原理类

写了 registry-mirrors，为什么还是走官方或仍然报错？

mirrors 不生效

怎么用 docker tag 去掉镜像名里的轩辕域名前缀？

去掉域名前缀

如何拉取指定 CPU 架构的镜像（如 ARM64、AMD64）？

指定架构拉取

用轩辕镜像拉镜像时快时慢，常见原因有哪些？

拉取速度原因

查看全部问题→

用户好评

来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务

oldzhang

运维工程师

Linux服务器

"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"

gnina/gnina

gnina

使用卷积神经网络进行分子对接的Docker镜像，支持配体与受体结合模式预测，适用于药物研发和蛋白质-配体相互作用研究。

3 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：gnina仓库类型：镜像最近更新：10 个月前

轩辕镜像，加速的不只是镜像。点击查看

中文简介版本下载

轩辕镜像，加速的不只是镜像。点击查看

gnina Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

核心功能和特性

基于卷积神经网络：采用深度学习算法提升分子对接准确性
自动对接区域定义：通过晶体配体（--autobox_ligand）自动划定对接盒子范围
文件系统挂载：支持本地目录与容器目录映射，实现输入文件读取和输出文件保存
零环境配置：无需手动安装依赖库，直接通过Docker命令启动运行

使用场景和适用范围

药物研发中的虚拟筛选和配体结合模式预测
学术研究中蛋白质-配体相互作用机制分析
高通量分子对接任务的快速部署与执行
跨平台分子对接工具的标准化运行环境

详细使用方法和配置说明

前置条件

已安装Docker引擎（支持Linux、Windows、macOS）
本地准备以下输入文件：
- 受体蛋白文件（.pdb格式，如rec.pdb）
- 配体文件（.sdf格式，如lig.sdf）
- 晶体配体文件（.mol2格式，用于定义对接区域，如crystal_ligand.mol2）

基础使用命令

通过docker run命令启动容器并执行分子对接，基本语法如下：

bash
docker run -v [本地目录]:/scr gnina/gnina gnina -r [受体路径] -l [配体路径] --autobox_ligand [晶体配体路径] -o [输出路径]

参数说明

参数	描述
`-v $(pwd):/scr`	将当前工作目录挂载到容器内的`/scr`目录，实现文件共享
`-r /scr/rec.pdb`	指定容器内受体蛋白文件路径（需对应本地挂载目录中的.pdb文件）
`-l /scr/lig.sdf`	指定容器内配体文件路径（需对应本地挂载目录中的.sdf文件）
`--autobox_ligand`	通过晶体配体文件自动计算对接盒子边界
`-o /scr/docked.sdf`	指定对接结果输出路径（容器内路径，对应本地挂载目录下的输出文件）

部署示例

将配体lig.sdf对接到受体rec.pdb，并以crystal_ligand.mol2定义对接区域，执行命令如下：

bash
# 将当前目录挂载到容器/scr，运行对接并输出结果到docked.sdf
docker run -v $(pwd):/scr gnina/gnina gnina -r /scr/rec.pdb -l /scr/lig.sdf --autobox_ligand /scr/crystal_ligand.mol2 -o /scr/docked.sdf

输出说明

运行成功后，在本地挂载目录（当前工作目录）将生成输出文件docked.sdf，包含：

配体与受体的预测结合构象
对接分数及相关能量参数
配体在受体活性口袋中的空间取向信息

轩辕镜像配置手册

探索更多轩辕镜像的使用方法，找到最适合您系统的配置方式

Docker 配置

登录仓库拉取

通过 Docker 登录认证访问私有仓库

专属域名拉取

无需登录使用专属域名

K8s Containerd

Kubernetes 集群配置 Containerd

K3s

K3s 轻量级 Kubernetes 镜像加速

Dev Containers

VS Code Dev Containers 配置

Podman

Podman 容器引擎配置

Singularity/Apptainer

HPC 科学计算容器配置

其他仓库配置

ghcr、Quay、nvcr 等镜像仓库

Harbor 镜像源配置

Harbor Proxy Repository 对接专属域名

Portainer 镜像源配置

Portainer Registries 加速拉取

Nexus 镜像源配置

Nexus3 Docker Proxy 内网缓存

系统配置

Linux

在 Linux 系统配置镜像服务

Windows/Mac

在 Docker Desktop 配置镜像

MacOS OrbStack

MacOS OrbStack 容器配置

Docker Compose

Docker Compose 项目配置

NAS 设备

群晖

Synology 群晖 NAS 配置

飞牛

飞牛 fnOS 系统配置镜像

绿联

绿联 NAS 系统配置镜像

威联通

QNAP 威联通 NAS 配置

极空间

极空间 NAS 系统配置服务

网络设备

爱快路由

爱快 iKuai 路由系统配置

宝塔面板

在宝塔面板一键配置镜像

需要其他帮助？请查看我们的常见问题Docker 镜像访问常见问题解答或提交工单

镜像拉取常见问题

使用与功能问题

配置了专属域名后，docker search 为什么会报错？

docker search 限制

Docker Hub 上有的镜像，为什么在轩辕镜像网站搜不到？

站内搜不到镜像

机器不能直连外网时，怎么用 docker save / load 迁镜像？

离线 save/load

docker pull 拉插件报错（plugin v1+json）怎么办？

插件要用 plugin install

WSL 里 Docker 拉镜像特别慢，怎么排查和优化？

WSL 拉取慢

轩辕镜像安全吗？如何用 digest 校验镜像没被篡改？

安全与 digest

第一次用轩辕镜像拉 Docker 镜像，要怎么登录和配置？

新手拉取配置

错误码与失败问题

docker pull 提示 manifest unknown 怎么办？

manifest unknown

docker pull 提示 no matching manifest 怎么办？

no matching manifest（架构）

镜像已拉取完成，却提示 invalid tar header 或 failed to register layer 怎么办？

invalid tar header（解压）

Docker pull 时 HTTPS / TLS 证书验证失败怎么办？

TLS 证书失败

Docker pull 时 DNS 解析超时或连不上仓库怎么办？

DNS 超时

Docker 拉取出现 410 Gone 怎么办？

410 Gone 排查

出现 402 或「流量用尽」提示怎么办？

402 与流量用尽

Docker 拉取提示 UNAUTHORIZED（401）怎么办？

401 认证失败

遇到 429 Too Many Requests（请求太频繁）怎么办？

429 限流

docker login 提示 Cannot autolaunch D-Bus，还算登录成功吗？

D-Bus 凭证提示

为什么会出现「单层超过 20GB」或 413，无法加速拉取？

413 与超大单层

账号 / 计费 / 权限

轩辕镜像免费版和专业版有什么区别？

免费版与专业版区别

轩辕镜像支持哪些 Docker 镜像仓库？

支持的镜像仓库

镜像拉取失败还会不会扣流量？

失败是否计费

麒麟 V10 / 统信 UOS 提示 KYSEC 权限不够怎么办？

KYSEC 拦截脚本

如何在轩辕镜像申请开具发票？

申请开票

怎么修改轩辕镜像的网站登录和仓库登录密码？

修改登录密码

如何注销轩辕镜像账户？要注意什么？

注销账户

配置与原理类

写了 registry-mirrors，为什么还是走官方或仍然报错？

mirrors 不生效

怎么用 docker tag 去掉镜像名里的轩辕域名前缀？

去掉域名前缀

如何拉取指定 CPU 架构的镜像（如 ARM64、AMD64）？

指定架构拉取

用轩辕镜像拉镜像时快时慢，常见原因有哪些？

拉取速度原因

查看全部问题→

用户好评

来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务

oldzhang

运维工程师

Linux服务器

"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"