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staphb

集中提供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟使用的多种生物信息学工具的Docker镜像，包含清晰的构建和使用文档，方便用户访问，支持Singularity兼容性，并欢迎社区贡献。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：5 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明 · 点击收起说明

如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。

只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：

请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：

https://xuanyuan.cloud/agents.md

在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。

查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

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This repository contains the Dockerfiles and other assorted files necessary for building Docker images for a variety of programs used by members of the StaPH-B (State Public Health Lab Bioinformatics) consortium. The purpose of this repository is to provide a centralized location for Docker images that is easily accessible for users, with clear documentation on how the containers were built and how to use them.

If you would like to contribute with a Docker image or improve upon the existing images, please fork the repository, make your changes/additions, and submit a pull request. If you are having an issue with an existing image, please submit an issue. We welcome any and all feedback!
https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/

https://staph-b.github.io/docker-builds/

We have also created a user guide that outlines methods and best practices for using and developing docker containers.
https://staph-b.github.io/docker-builds/

What about Singularity?

For many people Docker is not an option, but Singularity is. Most Docker containers are compatible with Singularity and can easily be converted to Singularity format. Please see the User Guide linked above to for instructions on how to download docker images from dockerhub and how to run them using Singularity. We've worked hard to ensure that our containers are compatibile with Singularity, but if you find one that isn't, please leave an issue and let us know!

https://hub.docker.com/r/staphb/

(Build only reflects those containers that have been added to the TravisCI tests)

SoftwareVersionLink
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/
  • 0.8.7
  • 0.8.13
  • 0.8.13s (+serotypefinder db)
  • 0.9.8
  • 1.0.0
https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/
  • 2.14.4
https://github.com/sanger-pathogens/ariba
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019
  • 1.3.0
https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-medaka
  • 1.1.0
https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-nanopolish
  • 1.1.0
https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://github.com/nextstrain/augur
  • 6.3.0
  • 7.0.2
  • 8.0.0
  • 9.0.0
https://github.com/nextstrain/augur
https://github.com/nextstrain/auspice
  • 2.12.0
https://github.com/nextstrain/auspice
https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/
  • 38.76
  • 38.86
https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/
https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/
  • 1.10.2
  • 1.11
  • 1.12
https://github.com/samtools/bcftools
https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/
  • 2.29.2
  • 2.30.0
https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/
https://github.com/arq5x/bedtools2
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa
  • 0.7.17
https://github.com/lh3/bwa
https://hub.docker.com/r/staphb/canu
  • 2.0
https://canu.readthedocs.io/en/latest/
https://github.com/marbl/canu
https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/
  • 1.7.1 (Canu), 1.3.1 (Racon), 2.13 (minimap2)
  • 1.9 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)
  • 1.9i (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2), (+racon_preprocess.py)
  • 2.0 (Canu), 1.4.3 (Racon), 2.17 (minimap2)
https://canu.readthedocs.io/en/latest/
https://github.com/lbcb-sci/racon
https://github.com/isovic/racon (ARCHIVED)
https://lh3.github.io/minimap2/
https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/
  • 1.0.0
https://github.com/stjacqrm/centroid
https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/
  • 0.1 (no version)
https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference
https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline
  • 2.0.2
https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/circlator
  • 1.5.6
https://github.com/sanger-pathogens/circlator
https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo
  • 1.2.4
http://www.clustal.org/omega/
https://hub.docker.com/r/staphb/colorid
  • 0.1.4.3
https://github.com/hcdenbakker/colorid
https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env
  • 1.0.0
https://github.com/VADGS/CutShaw
https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool
  • 0.0.1 (no version)
https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool
https://hub.docker.com/r/staphb/fastani
  • 1.1
  • 1.32
  • 1.33
https://github.com/ParBLiSS/FastANI
https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree
  • 2.1.11
http://www.microbesonline.org/fasttree/
https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc
  • 0.11.8
  • 0.11.9
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
https://github.com/s-andrews/FastQC
https://hub.docker.com/r/staphb/fastq-scan
  • 0.4.3
https://github.com/rpetit3/fastq-scan
https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong
  • 0.2.0
https://github.com/rrwick/filtlong
https://hub.docker.com/r/staphb/flye
  • 2.5
  • 2.7
  • 2.8
https://github.com/fenderglass/Flye
https://hub.docker.com/r/staphb/hmmer
  • 3.3
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/
  • 1.6.7
http://www.iqtree.org/
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree2/
  • 2.1.2
http://www.iqtree.org/
https://hub.docker.com/r/staphb/ivar/
  • 1.1
  • 1.1 (+SARS-CoV2 reference)
  • 1.2.1
  • 1.2.1 (+SC2 ref)
  • 1.2.2 (+SC2 ref and artic bedfiles)
  • 1.3
  • 1.3.1
https://github.com/andersen-lab/ivar
https://hub.docker.com/r/staphb/kma/
  • 1.2.21
https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kma/
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/
  • 1.0
  • 1.0.0_wslh_signed
  • 1.1.1
  • 1.1.1 (no database)
https://github.com/DerrickWood/kraken
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken2/
  • 2.0.8-beta (no database)
  • 2.0.8-beta (MiniKraken2_v1_8GB db)
  • 2.0.8-beta_hv (human + virus db)
  • 2.0.9-beta (no db)
  • 2.0.9-beta (Minikraken v2 RefSeq: bacteria, archaea, viral, and human 8GB db)
  • 2.1.0 (no db)
  • 2.1.1 (no db)
  • 2.1.2 (no db)
https://github.com/DerrickWood/kraken2
https://hub.docker.com/r/staphb/ksnp3/
  • 3.1
https://sourceforge.net/projects/ksnp/
https://hub.docker.com/r/staphb/legsta/
  • 0.3.7
  • 0.5.1
https://github.com/tseemann/legsta
https://hub.docker.com/r/staphb/lyveset/
  • 1.1.4f
  • 2.0.1
https://github.com/lskatz/lyve-SET https://github.com/lskatz/CG-Pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/mafft/
  • 7.450
  • 7.475
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/mash/
  • 2.1
  • 2.2
  • 2.3
https://github.com/marbl/Mash
https://hub.docker.com/r/staphb/mashtree
  • 0.52.0
  • 0.57.0
  • 1.0.4
  • 1.2.0
https://github.com/lskatz/mashtree
https://hub.docker.com/r/staphb/medaka
  • 0.8.1
  • 1.0.1
  • 1.2.0
https://github.com/nanoporetech/medaka
https://hub.docker.com/r/staphb/metaphlan
  • 3.0.3-no-db (no database)
  • 3.0.3 (~3GB db)
https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/tree/3.0
https://hub.docker.com/r/staphb/minimap2
  • 2.17
  • 2.18
https://github.com/lh3/minimap2
https://hub.docker.com/r/staphb/mlst
  • 2.16.2
  • 2.17.6
  • 2.19.0
https://github.com/tseemann/mlst
https://hub.docker.com/r/staphb/mugsy
  • 1r2.3
http://mugsy.sourceforge.net/
https://hub.docker.com/r/staphb/multiqc
  • 1.7
  • 1.8
https://github.com/ewels/MultiQC
https://hub.docker.com/r/staphb/nanoplot
  • 1.27.0
  • 1.29.0
  • 1.30.1
  • 1.32.0
  • 1.33.0
https://github.com/wdecoster/NanoPlot
https://hub.docker.com/r/staphb/ncbi-amrfinderplus
  • 3.1.1b
  • 3.8.4
  • 3.8.28
  • 3.9.3
  • 3.9.8
  • 3.10.1
  • 3.10.5
https://github.com/ncbi/amr
https://hub.docker.com/r/staphb/OrthoFinder
  • 2.17
https://github.com/davidemms/OrthoFinder
https://hub.docker.com/r/staphb/pangolin

Pangolin version & pangoLEARN data release date
  • 1.1.14
  • 2.0.4 & 2020-07-20
  • 2.0.5 & 2020-07-20
  • 2.1.1 & 2020-12-17
  • 2.1.3 & 2020-12-17
  • 2.1.6 & 2021-01-06
  • 2.1.7 & 2021-01-11
  • 2.1.7 & 2021-01-20
  • 2.1.8 & 2021-01-22
  • 2.1.10 & 2021-02-01
  • 2.1.11 & 2021-02-01
  • 2.1.11 & 2021-02-05
  • 2.2.1 & 2021-02-06
  • 2.2.2 & 2021-02-06
  • 2.2.2 & 2021-02-11
  • 2.2.2 & 2021-02-12
  • 2.3.0 & 2021-02-12
  • 2.3.0 & 2021-02-18
  • 2.3.0 & 2021-02-21
  • 2.3.2 & 2021-02-21
  • 2.3.3 & 2021-03-16
  • 2.3.4 & 2021-03-16
  • 2.3.5 & 2021-03-16
  • 2.3.6 & 2021-03-16
  • 2.3.6 & 2021-03-29
  • 2.3.8 & 2021-04-01
  • 2.3.8 & 2021-04-14
  • 2.3.8 & 2021-04-21
  • 2.3.8 & 2021-04-23
  • 2.4 & 2021-04-28
  • 2.4.1 & 2021-04-28
  • 2.4.2 & 2021-04-28
  • 2.4.2 & 2021-05-10
  • 2.4.2 & 2021-05-11
  • 2.4.2 & 2021-05-19
  • 3.0.5 & 2021-06-05
  • 3.1.3 & 2021-06-15
https://github.com/cov***ges/pangolin
https://github.com/cov***ges/pangoLEARN
https://github.com/cov***ges/pango-designation
https://github.com/cov***ges/scorpio
https://github.com/cov***ges/constellations
https://github.com/cov***ges/lineages (archived)
https://github.com/hCoV-2019/pangolin (archived)
https://hub.docker.com/r/staphb/parallel-perl
  • 20200722
https://www.gnu.org/software/parallel
https://hub.docker.com/r/staphb/pilon
  • 1.23.0
https://github.com/broadinstitute/pilon
https://hub.docker.com/r/staphb/plasmidseeker
  • 1.0
https://github.com/bioinfo-ut/PlasmidSeeker
https://hub.docker.com/r/staphb/prokka/
  • 1.13.4
  • 1.14.0
  • 1.14.5
https://github.com/tseemann/prokka
https://hub.docker.com/r/staphb/quast/
  • 5.0.0
  • 5.0.2
https://github.com/ablab/quast
https://hub.docker.com/r/staphb/racon
  • 1.4.3
  • 1.4.20
https://github.com/lbcb-sci/racon
https://github.com/isovic/racon (ARCHIVED)
https://hub.docker.com/r/staphb/rasusa/
  • 0.1.0
  • 0.2.0
  • 0.3.0
https://github.com/mbhall88/rasusa
https://hub.docker.com/r/staphb/raxml/
  • 8.2.12 (RAxML) and 0.9.0 (RAxML Next Generation)
https://github.com/stamatak/standard-RAxML
https://github.com/amkozlov/raxml-ng
https://hub.docker.com/r/staphb/roary/
  • 3.12.0
https://github.com/sanger-pathogens/Roary
https://hub.docker.com/r/staphb/salmid
  • 0.1.23
https://github.com/hcdenbakker/SalmID
https://hub.docker.com/r/staphb/samtools
  • 1.9
  • 1.10
  • 1.11
  • 1.12
https://github.com/samtools/samtools
https://hub.docker.com/r/staphb/seqsero/
  • 1.0.1
https://github.com/denglab/SeqSero
https://hub.docker.com/r/staphb/seqsero2/
  • 0.1.0
  • 1.0.0
  • 1.0.2
  • 1.1.0
  • 1.1.1
  • 1.2.1
https://github.com/denglab/SeqSero2/
https://hub.docker.com/r/staphb/seqtk
  • 1.3
https://github.com/lh3/seqtk
https://hub.docker.com/r/staphb/seqyclean
  • 1.10.09
https://github.com/ibest/seqyclean
https://hub.docker.com/r/staphb/seroba
  • 1.0.0
  • 1.0.2
  • 1.0.2_wslh_signed
https://github.com/sanger-pathogens/seroba
https://hub.docker.com/r/staphb/serotypefinder/
  • 1.1 (perl version)
  • 2.0.1 (python version)
https://bitbucket.org/genomicepidemiology/serotypefinder/
https://hub.docker.com/r/staphb/shovill/
  • 1.0.4
  • 1.1.0
https://github.com/tseemann/shovill
https://hub.docker.com/r/staphb/sistr/
  • 1.0.2
  • 1.1.1
https://github.com/phac-nml/sistr_cmd
https://hub.docker.com/r/staphb/skesa
  • 2.3.0
  • 2.4.0 (gfa_connector & kmercounter included)
https://github.com/ncbi/SKESA
https://hub.docker.com/r/staphb/snippy
  • 4.4.5
  • 4.5.1
  • 4.6.0
https://github.com/tseemann/snippy
https://hub.docker.com/r/staphb/snp-dists
  • 0.6.2
https://github.com/tseemann/snp-dists
https://hub.docker.com/r/staphb/snp-sites
  • 2.3.3
https://github.com/sanger-pathogens/snp-sites
https://hub.docker.com/r/staphb/spades/
  • 3.8.2
  • 3.12.0
  • 3.13.0
  • 3.14.0
  • 3.14.1
  • 3.15.0
  • 3.15.1
  • 3.15.2
https://github.com/ablab/spades
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/sratoolkit/
[(https://img.shields.io/docker/pu

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您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。

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使用方法：

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull staphb/iqtree:<标签>

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