getwilds/samtools

Samtools

本目录包含Samtools的Docker镜像，Samtools是一套用于处理高通量测序数据的程序套件。

可用版本

• latest ( https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/samtools/Dockerfile_latest | https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/samtools/CVEs_latest.md )
• 1.19 ( https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/samtools/Dockerfile_1.19 | https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/samtools/CVEs_1.19.md )
• 1.11 ( https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/samtools/Dockerfile_1.11 | https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/samtools/CVEs_1.11.md )
• 1.10 ( https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/samtools/Dockerfile_1.10 | https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/samtools/CVEs_1.10.md )

镜像详情

这些Docker镜像基于Ubuntu 24.04构建，包含：

• Samtools：用于操作SAM/BAM格式比对数据的工具套件
• Bedtools：用于基因组算术运算的强大工具集

镜像设计为最小化，专注于特定版本的Samtools及其依赖。

使用方法

Docker

bash
docker pull getwilds/samtools:latest
# 或
docker pull getwilds/samtools:1.19
# 或
docker pull getwilds/samtools:1.11
# 或
docker pull getwilds/samtools:1.10

# 也可从GitHub Container Registry拉取
docker pull ghcr.io/getwilds/samtools:latest

Singularity/Apptainer

bash
apptainer pull docker://getwilds/samtools:latest
# 或
apptainer pull docker://getwilds/samtools:1.19
# 或
apptainer pull docker://getwilds/samtools:1.11
# 或
apptainer pull docker://getwilds/samtools:1.10

# 也可从GitHub Container Registry拉取
apptainer pull docker://ghcr.io/getwilds/samtools:latest

示例命令

bash
# 将SAM转换为BAM
docker run --rm -v /path/to/data:/data getwilds/samtools:latest samtools view -bS /data/input.sam > /data/output.bam

# 排序BAM文件
docker run --rm -v /path/to/data:/data getwilds/samtools:latest samtools sort /data/input.bam -o /data/sorted.bam

# 索引BAM文件
docker run --rm -v /path/to/data:/data getwilds/samtools:latest samtools index /data/sorted.bam

# 使用Apptainer的示例
apptainer run --bind /path/to/data:/data docker://getwilds/samtools:latest samtools view -bS /data/input.sam > /data/output.bam

# 使用本地SIF文件的Apptainer示例
apptainer run --bind /path/to/data:/data samtools_latest.sif samtools sort /data/input.bam -o /data/sorted.bam

关于临时文件的重要说明

对于较大文件（>30GB），Samtools默认将中间文件保存到/tmp目录。在受监管的HPC设备上，由于权限问题可能无法使用该目录。这种情况下，建议使用Samtools v1.19+版本，并通过-T选项指定您有权访问的自定义临时目录。

自定义临时目录示例：

bash
# 使用自定义临时目录排序大型BAM文件
docker run --rm -v /path/to/data:/data -v /path/to/temp:/temp \
  getwilds/samtools:1.19 samtools sort /data/large_input.bam -o /data/sorted.bam -T /temp/sort_tmp

Dockerfile结构

Dockerfile主要遵循以下步骤：

1. 使用Ubuntu 24.04作为基础镜像
2. 添加用于文档和归属的元数据标签
3. 动态确定并固定依赖项的最新安全补丁版本
4. 从源码下载并构建Samtools
5. 包含Bedtools以提供额外功能
6. 执行清理以最小化镜像大小

安全扫描与漏洞(CVEs)

这些镜像定期使用Docker Scout进行漏洞扫描。然而，由于生物信息学软件及其依赖的特性，部分Docker镜像可能包含已知漏洞（CVEs）。

风险提示：尽管我们努力减少安全问题，但这些镜像主要设计用于受控环境中的研究和分析工作流。

有关此镜像的最新安全信息，请查看https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/samtools%E4%B8%AD%E7%9A%84%60CVEs_*.md%60%E6%96%87%E4%BB%B6%EF%BC%8C%E8%BF%99%E4%BA%9B%E6%96%87%E4%BB%B6%E9%80%9A%E8%BF%87GitHub Actions工作流自动更新。如果特定漏洞令人担忧，请在GitHub仓库中提交https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/issues%EF%BC%8C%E6%B3%A8%E6%98%8E%E6%82%A8%E5%B8%8C%E6%9C%9B%E8%A7%A3%E5%86%B3%E7%9A%84CVE%E3%80%82

源码仓库

这些Dockerfile维护在https://github.com/getwilds/wilds-docker-library%E4%BB%93%E5%BA%93%E4%B8%AD%E3%80%82