Mag Docker 镜像

nfcore/mag 镜像说明

镜像概述

nfcore/mag是遵循生物信息学最佳实践的Nextflow流程镜像，专注于宏基因组的组装、分箱与注释。该流程支持短读长和长读长数据处理，通过Docker容器化技术保障分析结果的高度可重复性，可在多种计算基础设施上便携运行。

核心功能

1. 数据预处理：使用fastp（短读长）和Porechop（长读长）进行质量修剪与适配器去除，FastQC完成基础质量控制。
2. 分类学分配：通过Centrifuge和/或Kraken2对测序reads进行分类学注释。
3. 宏基因组组装：采用MEGAHIT和SPAdes工具完成组装，并通过Quast评估组装质量。
4. 基因组分箱：利用MetaBAT2进行分箱，Busco评估分箱的完整性与准确性。
5. 分箱注释：通过CAT工具为分箱结果分配分类学信息。
6. 报告生成：输出MultiQC汇总报告，包含关键分析结果与软件版本信息。

使用场景

• 环境样本（土壤、水体等）的宏基因组分析。
• 宿主相关微生物群落（肠道、口腔等）的研究。
• 宏基因组组装与分箱的标准化流程应用。

配置说明

前提条件

1. 安装Nextflow（版本≥20.04.0）。
2. 安装Docker（或Singularity、Podman）。

快速部署示例

测试流程

bash
nextflow run nf-core/mag -profile test,docker

运行自定义分析

bash
nextflow run nf-core/mag -profile docker --input '*_R{1,2}.fastq.gz'

高级配置

• 支持分组共组装（通过--coassemble_group参数启用）。
• 可调整分箱的共丰度计算模式（通过--binning_map_mode参数设置）。
• 更多参数配置参考官方文档：https://nf-co.re/mag/usage