aehrc/quickumls-rest

aehrc/quickumls-rest镜像文档

概述

本镜像包含QuickUMLS的工作安装，并提供轻量级REST包装器，是访问QuickUMLS的主要方式，用于实现医学术语与UMLS（统一医学语言系统）、SNOMED CT等标准术语的映射。

设置

1. 下载并安装适用于您操作系统的Docker。
2. 从Docker Hub拉取镜像：

bash
docker pull aehrc/quickumls-rest:1.2.3-2018AA

将1.2.3-2018AA替换为所需标签，版本与QuickUMLS和UMLS版本绑定（例如1.2.3-2018AA代表QuickUMLS 1.2.3和UMLS 2018AA）。

运行

启动服务的命令：

bash
docker run -p 5000:5000 aehrc/quickumls-rest:1.2.3-2018AA

此命令启动服务器并将容器的5000端口映射到主机的5000端口。

以 detached 模式（后台运行）启动：

bash
docker run -d -p 5000:5000 aehrc/quickumls-rest:1.2.3-2018AA

使用服务

服务将在localhost:5000运行。

服务接受HTTP POST请求到localhost:5000/match，请求体为包含text字段的JSON：

json
{
  "text": "Fracture"
}

返回结果为JSON数组，包含术语匹配信息（如CUI、语义类型、SNOMED CT编码等）。

构建Docker镜像

大多数情况下无需自行构建。镜像版本绑定QuickUMLS和UMLS版本（例如1.2.3-2018AA）。构建步骤：

1. 将QuickUMLS索引（通常名为quickumls_fp）复制到Dockerfile所在目录。
2. 构建镜像：

bash
docker build -t aehrc/quickumls-rest:1.2.3-2018AA .

3. 推送到Docker Hub：

bash
docker push aehrc/quickumls-rest:1.2.3-2018AA

变更日志

v1.2.3-2018AA

• 支持将UMLS概念映射到SNOMED CT。

v1.2.3-2018AA

• 使用UMLS 2018AA和QuickUMLS v1.2.3。
• 支持HTTP GET请求：http://host:port/word（word为待映射文本）。

v1.2.3

• 使用UMLS 2016AA和QuickUMLS v1.2.3。