agitter/singe

SINGE Docker镜像文档

镜像概述

本镜像为https://github.com/gitter-lab/SINGE%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E7%9A%84%E7%8B%AC%E7%AB%8B%E8%BF%90%E8%A1%8C%E7%8E%AF%E5%A2%83%EF%BC%8C%E5%B7%B2%E9%9B%86%E6%88%90MATLAB%E8%BF%90%E8%A1%8C%E6%97%B6%EF%BC%8C%E6%97%A0%E9%9C%80%E9%A2%9D%E5%A4%96%E5%AE%89%E8%A3%85MATLAB%E5%8D%B3%E5%8F%AF%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%80%82SINGE%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E7%9A%84%E7%9B%B8%E5%85%B3%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%88%90%E6%9E%9C%E5%8F%91%E8%A1%A8%E4%BA%8E%E3%80%8ADeshpande et al. 2022》（DOI: 10.1016/j.celrep.2022.***）。

核心功能与特性

• 独立运行环境：集成MATLAB运行时，无需系统预装MATLAB
• 完整支持SINGE：包含SINGE软件的全部功能组件
• 便捷部署：通过Docker容器化方式，简化环境配置流程

使用场景与适用范围

适用于需要运行SINGE软件进行数据分析的场景，尤其适合科研人员、数据分析人员在无需手动配置MATLAB环境的情况下快速使用SINGE功能。

使用方法与配置说明

基本使用（docker run）

bash
docker run -v /本地数据目录:/data gitterlab/singe [SINGE命令参数]

参数说明：

• -v /本地数据目录:/data：将本地数据目录挂载到容器内的/data目录，用于数据输入和输出
• [SINGE命令参数]：SINGE软件的具体运行参数，可参考https://github.com/gitter-lab/SINGE

注意事项

• 确保本地数据目录具有读写权限，以便容器能够正常访问和输出数据
• 具体的SINGE命令参数需根据实际分析需求参考官方文档进行配置