aiidalab/aiidalab-docker-stack

AiiDAlab Docker镜像栈

镜像概述

本镜像栈包含AiiDAlab平台（https://www.materialscloud.org/aiidalab%EF%BC%89%E4%BD%BF%E7%94%A8%E7%9A%84Dockerfile%EF%BC%8C%E6%8F%90%E4%BE%9B%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%8C%96%E9%83%A8%E7%BD%B2AiiDAlab%E7%9A%84%E5%AE%8C%E6%95%B4%E8%A7%A3%E5%86%B3%E6%96%B9%E6%A1%88%E3%80%82%E9%95%9C%E5%83%8F%E5%8F%AF%E4%BB%8EDockerhub%E8%8E%B7%E5%8F%96%EF%BC%8C%E8%AE%BF%E9%97%AEhttps://hub.docker.com/repository/docker/aiidalab/aiidalab-docker-stack%E6%9F%A5%E7%9C%8B%E5%8F%AF%E7%94%A8%E6%A0%87%E7%AD%BE%E5%88%97%E8%A1%A8%E3%80%82

核心功能与特性

• 提供AiiDAlab平台的完整运行环境
• 支持服务器端和本地部署两种模式
• 容器化设计确保环境一致性和隔离性
• 支持用户数据持久化存储

使用场景

• AiiDAlab服务器运维人员部署平台更新
• 科研人员在本地环境搭建AiiDAlab进行研究工作
• 开发人员测试AiiDAlab新功能或版本

部署方法

1. 部署到AiiDAlab服务器

如需部署更新，登录AiiDAlab服务器并执行以下命令：

bash
docker pull aiidalab/aiidalab-docker-stack:latest
docker tag aiidalab/aiidalab-docker-stack:latest aiidalab-docker-stack:latest

用户通过"控制面板"重启容器时，将逐步应用新镜像。

2. 本地部署

前置条件

确保已安装Docker，如未安装，前往Docker安装页面根据操作系统说明进行安装。

启动AiiDAlab

执行以下命令启动AiiDAlab：

bash
./run.sh PORT PATH_TO_AIIDALAB_HOME_DIR

参数说明：

• PORT：本地空闲端口（通常使用8888）
• PATH_TO_AIIDALAB_HOME_DIR：用户数据存储目录的绝对路径（通常为${HOME}/aiidalab）

命令输出的最后一行将包含浏览器访问AiiDAlab的链接。

性能问题排查：Slow IO

若需检查OpenStack块存储问题，执行以下命令并观察几分钟：

bash
watch -n 0.1 "ps axu| awk '{print \$8, \"   \", \$11}' | sort | head -n 10"

正常情况下，几乎所有进程应处于S状态。若某个进程长时间处于D状态，很可能是在等待缓慢的IO操作。

引用

使用AiiDAlab的用户请在相关工作中引用以下文献：

A. V. Yakutovich et al., Comp. Mat. Sci. 188, *** (2021). DOI:10.1016/j.commatsci.2020.***

致谢

本工作得到以下机构支持：

• MARVEL国家研究能力中心（由瑞士国家科学基金会资助）
• MaX欧洲卓越中心（由Horizon 2020 EINFRA-5项目资助，编号676598）

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