alexwaldrop/qcparser

QCParser镜像概述

QCParser是一款命令行工具，用于解析生物信息学领域主流工具的输出文件，将非结构化QC数据转换为统一格式（QCReport）。其模块化设计允许用户添加自定义模块，适配特定解析需求。

核心功能

• 集中式工作流QC：将非结构化数据转为标准化JSON格式，支持聚合多来源QC信息生成单一报告，跨工作流整合项目级结果。
• 主流工具支持：覆盖FastQC、Samtools（Depth/Flagstat/Idxstat）、Trimmomatic、Mosdepth、Picard等常用工具。
• 模块化扩展：轻松添加自定义模块，解析任意非结构化数据文件。
• 错误检查：内置输入结构验证，提供清晰错误提示，确保解析准确性。

使用场景

• NGS流程中整合不同工具的QC结果，生成统一报告；
• 跨样本/工作流合并QC数据，形成项目级质量总结；
• 自定义解析特定工具输出，满足个性化需求。

Docker部署示例

拉取镜像

bash
sudo docker pull docker.xuanyuan.run/alexwaldrop/qcparser:latest

查看帮助

bash
sudo docker run --rm alexwaldrop/qcparser:latest "./QCParser.py --help"

解析FastQC输出

bash
sudo docker run --rm -v /本地数据路径:/data alexwaldrop/qcparser:latest "./QCParser.py FastQC -i /data/fastqc_data.txt -s sample_01 -n 'raw RNA fastq'"

合并QC报告（按列）

bash
sudo docker run --rm -v /本地数据路径:/data alexwaldrop/qcparser:latest "./QCParser.py Cbind -i /data/sample_01.fastqc.qc /data/sample_01.trimmomatic.qc"

合并QC报告（按行）

bash
sudo docker run --rm -v /本地数据路径:/data alexwaldrop/qcparser:latest "./QCParser.py Rbind -i /data/sample_01.qc /data/sample_02.qc"

输出表格格式

bash
sudo docker run --rm -v /本地数据路径:/data alexwaldrop/qcparser:latest "./QCParser.py PrintTable -i /data/combined.qc"