aljoschak1/medex

MedEx - ***数据探索器

该项目提供一个仪表板工具，支持对数据集进行快速探索性数据分析。它的开发旨在让用户无需掌握SQL或编程语言，即可快速洞察***研究数据仓库的内容。不过，它不仅限于临床数据，还可用于多种类型数据集的探索性分析。

快速开始

1. 创建MedEx目录：

$ mkdir medex
$ cd medex

2. 在项目目录中创建import目录，该目录应包含你想要加载到程序中的数据。数据格式描述见链接：https://github.com/dieterich-lab/medex/blob/PostgreSQL/documentation/Data_import.md%E3%80%82

$ mkdir import

3. 在medex目录下创建docker-compose.yml文件，并粘贴以下内容：

yaml
version: '3'
services:
  medex:
    image: docker.xuanyuan.run/aljoschak1/medex
    build: .
    ports:
      - "80:80"
    depends_on: # 运行所需的其他容器
      - database
    environment:
      - PYTHONUNBUFFERED=1
      - POSTGRES_USER=test
      - POSTGRES_PASSWORD=test
      - POSTGRES_DB=example
      - POSTGRES_PORT=5432
      - POSTGRES_HOST=database
    volumes:
      - ./import:/app/import
    restart: always

  database:
    image: docker.xuanyuan.run/postgres
    ports:
      - "5428:5432"
    environment:
      - POSTGRES_USER=test
      - POSTGRES_PASSWORD=test
      - POSTGRES_DB=example
    restart: always

4. 创建Dockerfile文件并粘贴以下内容：

dockerfile
FROM docker.xuanyuan.run/python:stretch

ADD . /app

RUN apt-get update && \
    apt-get install swig -y && \
    cd /app/ && \
    pip install pipenv && \
    pipenv install --ignore-pipfile --deploy --system

WORKDIR /app

ENV FLASK_ENV production
# waitress会忽略此选项，实际无需设置
ENV FLASK_APP webserver.py
ENV FLASK_RUN_HOST 0.0.0.0
ENV TZ=Europe/Berlin

EXPOSE 5428  
EXPOSE 80

CMD [ "waitress-serve", "--port", "80", "--call", "webserver:main"  ]

5. 从Docker Hub拉取镜像：

$ docker pull docker.xuanyuan.run/aljoschak1/medex

6. 启动容器：

$ docker-compose up

信息说明

程序使用80端口提供应用服务，PostgreSQL数据库端口映射到本地5428端口。端口可在docker-compose.yml和Dockerfile中修改。

参考链接

源代码：

• medex（PostgreSQL数据库版本）：https://github.com/dieterich-lab/medex/tree/PostgreSQL