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analysiscommon

基于R GENESIS包的WDL工作流镜像，用于遗传数据的单变体和聚合测试分析，支持连续或二分类结果的Burden、SKAT、SMMAT等测试，可通过亲属关系矩阵考虑家族相关性。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：analysiscommon仓库类型：镜像最近更新：4 年前

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如果你用 DeepSeek、元宝AI、Copilot 等 AI 代为编写轩辕镜像的 docker pull、修改 compose 镜像地址，或排查拉取失败等问题，请让 AI 先读规则再动手，只要在 AI 对话里直接发送下面这句话即可：

生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。

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镜像标签列表与下载命令

GENESIS: 遗传数据统计分析镜像

维护者：Analysis Commons
版本：0.2

镜像概述和主要用途

本镜像基于R语言GENESIS包实现WDL工作流，用于遗传数据的表型-基因型关联分析。支持单变体测试（Single-variant）和聚合测试（如Burden、SKAT、SMMAT等），可处理连续型或二分类结果，并通过亲属关系矩阵（kinship matrices）校正家族相关性。工作流包含两个核心步骤：genesis_nullmodel（拟合不含基因型的空模型）和genesis_tests（基于空模型执行关联分析）。

核心功能和特性

多类型测试支持：实现单变体测试、Burden、SKAT、fastSKAT、SMMAT、SKATO等多种关联分析方法
结果类型兼容：支持连续型（Continuous）和二分类（Dichotomous）表型结果
亲属关系校正：通过亲属关系矩阵处理样本间的家族相关性，适用于有群体结构或相关样本的分析
高效数据处理：优化GDS（基因组数据结构）格式基因型文件的随机访问，支持多核心并行计算
灵活分析选项：支持条件分析、异方差分组、残差转换、滑动窗口测试等高级功能

使用场景和适用范围

基于测序数据的表型-基因型关联分析
需要校正家族相关性或群体结构的遗传研究
稀有变异聚合测试（需基因聚合文件和注释文件）
单变体关联分析及多变体条件分析

输入数据要求

基因型文件：GDS格式（*.gds），每个文件仅含一条染色体
表型文件：分隔文本文件，包含样本表型信息
亲属关系矩阵（可选）：Rda或CSV格式，行和列名为样本ID（Rda文件需包含单个数值矩阵对象）
基因聚合文件（可选）：CSV或R数据格式（*.csv, *.rda等），含group_id、chromosome、position、ref、alt列，用于聚合测试或变体过滤

输出说明

genesis_nullmodel：输出空模型R对象（不含基因型的模型拟合结果）
genesis_tests：输出压缩CSV文件，包含关联分析结果

工作原理

本工作流基于Matt Conomos、Tim Thornton和Stephanie Gogarten开发的GENESIS包（TOPmed DCC）实现，优化了GDS格式基因型文件的随机访问性能，并支持通过多核心并行加速计算过程。空模型步骤拟合包含表型、协变量和亲属关系的基础模型，关联分析步骤则基于空模型执行指定的遗传关联测试。

详细配置参数说明

基础参数

参数名	描述	类型	可选值/默认值
`this_outcome_name`	表型文件中结果变量的列名	string	必选
`this_outcome_type`	结果类型	string	Continuous（默认）/Dichotomous
`this_covariates_string`	协变量列表（表型文件列名，逗号分隔，无协变量留空）	string	可选（默认空）
`this_pheno_file`	样本表型文件（分隔文本）	file	必选
`these_genotype_files`	基因型文件（GDS格式，每个文件含一条染色体）	array[file]	.gds, .GDS（必选）
`this_results_file`	输出文件前缀（无空格）	string	必选
`this_kinship_matrix`	亲属关系矩阵文件	file	.Rda, .csv（可选）
`this_pheno_id`	样本ID列名（需与基因型文件、亲属关系矩阵ID匹配）	string	ID（默认）

高级分析参数

参数名	描述	类型	可选值/默认值
`this_conditional`	条件分析变体（格式：chr pos ref alt，多变体逗号分隔）	string	NA（默认）
`this_het_varsIn`	异方差分组变量	string	NA（默认）
`this_transform`	残差转换选项	string	none（默认）/transform
`this_transform_rankNorm`	残差秩归一化范围（仅transform时生效）	string	all（默认）/by.group
`this_transform_rescale`	残差缩放选项（仅transform时生效）	string	none（默认）/model/residSD

测试配置参数

参数名	描述	类型	可选值/默认值
`this_test_stat`	检验统计量类型	string	Score（默认）/Score.SPA
`this_test_type`	测试类型	string	Burden/SKAT/fastSKAT/SMMAT/SKATO/Single（必选）
`this_agg_file`	聚合测试变体分组文件	file	.csv, .rda等（可选）
`this_top_maf`	最大次要等位基因频率（通常用于聚合测试）	float	1（默认）
`this_min_mac`	最小次要等位基因计数阈值	int	5（默认）
`this_weights`	权重设置（如'c(1,25)'为Wu权重）	string	FALSE（默认）
`this_weights_col`	聚合文件中权重列名	string	FALSE（默认）
`this_window`	滑动窗口大小（bp，0表示不使用）	int	0（默认）
`this_step`	滑动窗口步长（bp，仅window>0时生效）	int	0（默认）

计算资源参数

参数名	描述	类型	默认值
`this_nullmodel_memory`	空模型计算内存（GB）	int	30
`this_nullmodel_disk`	空模型磁盘空间（GB）	int	100
`this_user_cores`	并行核心数	int	min(机器核心数-1, 30)
`this_tests_memory`	测试计算内存（GB）	int	30
`this_tests_disk`	测试磁盘空间（GB）	int	100
`this_summarize_memory`	结果汇总内存（GB）	int	30
`this_summarize_disk`	结果汇总磁盘空间（GB）	int	30

其他参数

参数名	描述	类型	可选值/默认值
`this_genome_build`	基因组版本	string	hg38（默认）/hg19
`this_pass_only`	是否仅保留PASS标记变体	string	TRUE（默认）/FALSE
`this_imputed`	是否为 imputed 数据	string	FALSE（默认）/TRUE
`this_neig`	fastSKAT中随机投影近似的特征值数量	int	200（默认）
`this_ntrace`	fastSKAT中估计迹的随机向量样本数	int	500（默认）
`this_interaction`	基因型交互项变量名（仅单变体测试）	string	NULL（默认）
`this_return_variants`	是否返回聚合测试的单个SNP结果	string	FALSE（默认）
`this_pval_threshold`	结果汇总的p值阈值	float	0.0001（默认）

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 genesis_wdl 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/analysiscommon/genesis_wdl:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull analysiscommon/genesis_wdl:<标签>

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使用与功能问题

配置了专属域名后，docker search 为什么会报错？

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Docker Hub 上有的镜像，为什么在轩辕镜像网站搜不到？

站内搜不到镜像

机器不能直连外网时，怎么用 docker save / load 迁镜像？

离线 save/load

docker pull 拉插件报错（plugin v1+json）怎么办？

插件要用 plugin install

WSL 里 Docker 拉镜像特别慢，怎么排查和优化？

WSL 拉取慢

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安全与 digest

第一次用轩辕镜像拉 Docker 镜像，要怎么登录和配置？

新手拉取配置

轩辕镜像合规吗？轩辕镜像的合规是怎么做的？

镜像合规机制

轩辕镜像支持 docker push 上传本地镜像吗？

不支持 push

错误码与失败问题

docker pull 提示 manifest unknown 怎么办？

manifest unknown

docker pull 提示 no matching manifest 怎么办？

no matching manifest（架构）

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invalid tar header（解压）

Docker pull 时 HTTPS / TLS 证书验证失败怎么办？

TLS 证书失败

Docker pull 时 DNS 解析超时或连不上仓库怎么办？

DNS 超时

docker 无法连接轩辕镜像域名怎么办？

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410 Gone 排查

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429 限流

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D-Bus 凭证提示

为什么会出现「单层超过 20GB」或 413，无法加速拉取？

413 与超大单层

账号 / 计费 / 权限

轩辕镜像免费版和专业版有什么区别？

免费版与专业版区别

轩辕镜像支持哪些 Docker 镜像仓库？

支持的镜像仓库

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如何注销轩辕镜像账户？要注意什么？

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配置与原理类

写了 registry-mirrors，为什么还是走官方或仍然报错？

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怎么用 docker tag 去掉镜像名里的轩辕域名前缀？

去掉域名前缀

如何拉取指定 CPU 架构的镜像（如 ARM64、AMD64）？

指定架构拉取

用轩辕镜像拉镜像时快时慢，常见原因有哪些？

拉取速度原因

为什么拉取镜像的 :latest 标签，拿到的往往不是「最新」镜像？

latest 与「最新」

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oldzhang

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GENESIS: 遗传数据统计分析镜像

维护者：Analysis Commons
版本：0.2

镜像概述和主要用途

核心功能和特性

多类型测试支持：实现单变体测试、Burden、SKAT、fastSKAT、SMMAT、SKATO等多种关联分析方法
结果类型兼容：支持连续型（Continuous）和二分类（Dichotomous）表型结果
亲属关系校正：通过亲属关系矩阵处理样本间的家族相关性，适用于有群体结构或相关样本的分析
高效数据处理：优化GDS（基因组数据结构）格式基因型文件的随机访问，支持多核心并行计算
灵活分析选项：支持条件分析、异方差分组、残差转换、滑动窗口测试等高级功能

使用场景和适用范围

基于测序数据的表型-基因型关联分析
需要校正家族相关性或群体结构的遗传研究
稀有变异聚合测试（需基因聚合文件和注释文件）
单变体关联分析及多变体条件分析

输入数据要求

基因型文件：GDS格式（*.gds），每个文件仅含一条染色体
表型文件：分隔文本文件，包含样本表型信息
亲属关系矩阵（可选）：Rda或CSV格式，行和列名为样本ID（Rda文件需包含单个数值矩阵对象）
基因聚合文件（可选）：CSV或R数据格式（*.csv, *.rda等），含group_id、chromosome、position、ref、alt列，用于聚合测试或变体过滤

输出说明

genesis_nullmodel：输出空模型R对象（不含基因型的模型拟合结果）
genesis_tests：输出压缩CSV文件，包含关联分析结果

工作原理

详细配置参数说明

基础参数

参数名	描述	类型	可选值/默认值
`this_outcome_name`	表型文件中结果变量的列名	string	必选
`this_outcome_type`	结果类型	string	Continuous（默认）/Dichotomous
`this_covariates_string`	协变量列表（表型文件列名，逗号分隔，无协变量留空）	string	可选（默认空）
`this_pheno_file`	样本表型文件（分隔文本）	file	必选
`these_genotype_files`	基因型文件（GDS格式，每个文件含一条染色体）	array[file]	.gds, .GDS（必选）
`this_results_file`	输出文件前缀（无空格）	string	必选
`this_kinship_matrix`	亲属关系矩阵文件	file	.Rda, .csv（可选）
`this_pheno_id`	样本ID列名（需与基因型文件、亲属关系矩阵ID匹配）	string	ID（默认）

高级分析参数

参数名	描述	类型	可选值/默认值
`this_conditional`	条件分析变体（格式：chr pos ref alt，多变体逗号分隔）	string	NA（默认）
`this_het_varsIn`	异方差分组变量	string	NA（默认）
`this_transform`	残差转换选项	string	none（默认）/transform
`this_transform_rankNorm`	残差秩归一化范围（仅transform时生效）	string	all（默认）/by.group
`this_transform_rescale`	残差缩放选项（仅transform时生效）	string	none（默认）/model/residSD

测试配置参数

参数名	描述	类型	可选值/默认值
`this_test_stat`	检验统计量类型	string	Score（默认）/Score.SPA
`this_test_type`	测试类型	string	Burden/SKAT/fastSKAT/SMMAT/SKATO/Single（必选）
`this_agg_file`	聚合测试变体分组文件	file	.csv, .rda等（可选）
`this_top_maf`	最大次要等位基因频率（通常用于聚合测试）	float	1（默认）
`this_min_mac`	最小次要等位基因计数阈值	int	5（默认）
`this_weights`	权重设置（如'c(1,25)'为Wu权重）	string	FALSE（默认）
`this_weights_col`	聚合文件中权重列名	string	FALSE（默认）
`this_window`	滑动窗口大小（bp，0表示不使用）	int	0（默认）
`this_step`	滑动窗口步长（bp，仅window>0时生效）	int	0（默认）

计算资源参数

参数名	描述	类型	默认值
`this_nullmodel_memory`	空模型计算内存（GB）	int	30
`this_nullmodel_disk`	空模型磁盘空间（GB）	int	100
`this_user_cores`	并行核心数	int	min(机器核心数-1, 30)
`this_tests_memory`	测试计算内存（GB）	int	30
`this_tests_disk`	测试磁盘空间（GB）	int	100
`this_summarize_memory`	结果汇总内存（GB）	int	30
`this_summarize_disk`	结果汇总磁盘空间（GB）	int	30

其他参数

参数名	描述	类型	可选值/默认值
`this_genome_build`	基因组版本	string	hg38（默认）/hg19
`this_pass_only`	是否仅保留PASS标记变体	string	TRUE（默认）/FALSE
`this_imputed`	是否为 imputed 数据	string	FALSE（默认）/TRUE
`this_neig`	fastSKAT中随机投影近似的特征值数量	int	200（默认）
`this_ntrace`	fastSKAT中估计迹的随机向量样本数	int	500（默认）
`this_interaction`	基因型交互项变量名（仅单变体测试）	string	NULL（默认）
`this_return_variants`	是否返回聚合测试的单个SNP结果	string	FALSE（默认）
`this_pval_threshold`	结果汇总的p值阈值	float	0.0001（默认）

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docker pull 提示 no matching manifest 怎么办？

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invalid tar header（解压）

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TLS 证书失败

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Docker 拉取出现 410 Gone 怎么办？

410 Gone 排查

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402 与流量用尽

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401 认证失败

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D-Bus 凭证提示

为什么会出现「单层超过 20GB」或 413，无法加速拉取？

413 与超大单层

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轩辕镜像免费版和专业版有什么区别？

免费版与专业版区别

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用轩辕镜像拉镜像时快时慢，常见原因有哪些？

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