aokad/sra-toolkit
aokad
这是NCBI SRA Toolkit的Docker镜像，用于生物信息学领域SRA测序数据的下载、转换和预处理，帮助科研人员快速部署工具环境，提升数据处理效率。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：aokad仓库类型：镜像最近更新：5 年前
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aokad/sra-toolkit 镜像说明
镜像概述
aokad/sra-toolkit是NCBI Sequence Read Archive (SRA) Toolkit的Docker镜像，提供多个稳定版本（如2.11.0、2.10.2等），无需手动配置依赖即可直接使用SRA数据处理工具，适用于生物信息学研究场景。
核心功能
- 通过
prefetch工具从SRA数据库下载测序数据 - 使用
fastq-dump将SRA格式转换为fastq等常用测序格式 - 支持数据拆分、过滤等预处理操作
- 兼容多版本SRA Toolkit，满足不同科研需求
使用场景
- 科研人员获取SRA公共测序数据并进行预处理
- 实验室快速搭建统一的SRA数据处理环境
- 批量处理测序数据以支持基因组学分析
配置说明
- 建议挂载本地数据目录到容器内
/data路径，用于存储输入/输出数据 - 可通过命令行参数调整工具行为（如
--split-files拆分双端数据）
部署示例
Docker Run命令
bash# 下载SRA数据（示例：SRR1234567） docker run --rm -v /本地数据目录:/data docker.xuanyuan.run/aokad/sra-toolkit prefetch SRR1234567 -O /data # 转换SRA为fastq格式 docker run --rm -v /本地数据目录:/data docker.xuanyuan.run/aokad/sra-toolkit fastq-dump /data/SRR1234567.sra --outdir /data --split-files
Docker Compose示例
yamlversion: '3' services: sra-toolkit: image: aokad/sra-toolkit volumes: - ./data:/data command: ["fastq-dump", "/data/SRR***.sra", "--outdir", "/data", "--split-files"]
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 sra-toolkit 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/aokad/sra-toolkit:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull aokad/sra-toolkit:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"