artemsokolovdh/synextra

synExtra：synapser的扩展工具

镜像概述

Sage Bionetworks开发维护的synapser是Synapse平台的R客户端，synExtra在此基础上扩展，以函数式编程（FP）范式简化其使用，覆盖文件下载上传、Synapse目录结构遍历及实体检查等核心场景，提升科研数据管理效率。

核心功能

1. 文件下载与上传

• 下载：通过synDownloader创建绑定本地路径的下载函数，直接传入Synapse ID即可获取本地文件路径，支持批量下载；自动识别本地文件与Synapse ID，实现透明处理。
• 上传：通过synStoreMany批量上传本地目录结构到Synapse项目/文件夹，操作逻辑类似Linux mv命令。

2. 目录结构遍历

• synAncestry：获取实体的完整父ID链，直至所属项目。
• synChildren：返回实体子项的命名ID向量。
• synPluck：通过路径名称序列快速定位任意后代实体的ID。

3. 杂项工具

• isSynID：验证输入是否为有效Synapse ID。
• synName：通过ID获取实体名称。
• synRename：重命名实体并返回ID（支持管道操作）。
• synSize：获取文件或文件夹内容的大小。

使用场景

• 科研数据批量处理：快速下载/上传Synapse平台的实验数据。
• 目录结构分析：定位Synapse层级中的目标实体。
• 自动化脚本开发：构建支持本地与Synapse文件无缝切换的工具（如示例中的csvpeek.R）。

配置说明

安装synExtra（R环境）

R
if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("ArtemSokolov/synExtra")

Docker部署示例

运行交互式R会话（假设镜像预装依赖）：

bash
docker run -it --rm docker.xuanyuan.run/artemsokolovdh/synextra R

在R中使用synExtra：

R
# 登录Synapse
synapser::synLogin()
# 创建绑定本地路径的下载函数
syn <- synExtra::synDownloader("./.syn")
# 下载指定Synapse ID的文件
fns <- syn("syn***", "syn***")
# 查看下载的文件路径
print(fns)