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ashedpotatoes/tbprofiler

ashedpotatoes

以NC_000962.3为参考基因组的TBProfiler镜像，基于staphb/tbprofiler构建，继承基础镜像功能并遵循相同标签策略。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ashedpotatoes仓库类型：镜像最近更新：1 年前

镜像标签列表与下载命令

TBProfiler (NC_000962.3参考基因组版) 镜像文档

镜像概述

本镜像为TBProfiler的定制版本，预先配置NC_000962.3作为参考基因组（染色体名称采用60字符列版本，MD5校验和：0e8f3acd2c92f20c42105e014adbfe97）。基于staphb/tbprofiler:{tag}基础镜像构建，标签策略与基础镜像保持一致。

核心功能与特性

预配置参考基因组：已内置NC_000962.3作为默认参考基因组，无需额外配置
参考基因组信息：染色体名称为60字符列版本，MD5校验和：0e8f3acd2c92f20c42105e014adbfe97
基础镜像继承：完整继承staphb/tbprofiler镜像的所有功能和特性
标签一致性：镜像标签与staphb/tbprofiler基础镜像完全对应，便于版本管理

使用场景

适用于需要以NC_000962.3为参考基因组的TBProfiler分析任务，包括但不限于：

结核分枝杆菌基因组分析
耐药性突变检测
菌株分型与进化分析
临床样本的分子诊断研究

使用方法

镜像拉取

bash
docker pull [镜像仓库地址]/[镜像名称]:[tag]

说明：[tag]需与staphb/tbprofiler基础镜像标签保持一致（如latest、v4.0.0等）

基本运行命令

bash
docker run --rm -v /本地数据目录:/data [镜像仓库地址]/[镜像名称]:[tag] tb-profiler [分析参数]

参数说明

-v /本地数据目录:/data：将本地数据目录映射到容器内/data目录，用于输入数据读取和结果输出
tb-profiler [分析参数]：TBProfiler核心命令及参数，具体使用方法与staphb/tbprofiler一致

示例：基因组分析

bash
# 对样本进行耐药性分析
docker run --rm -v /path/to/samples:/data [镜像仓库地址]/[镜像名称]:latest tb-profiler profile -1 /data/sample_R1.fastq.gz -2 /data/sample_R2.fastq.gz -o /data/sample_results

注意事项

本镜像仅修改参考基因组配置，其他功能与staphb/tbprofiler基础镜像完全一致
使用前请确保本地数据目录具有读写权限
详细分析参数请参考staphb/tbprofiler官方文档

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 tbprofiler 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/ashedpotatoes/tbprofiler:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull ashedpotatoes/tbprofiler:<标签>

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