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LinkedDataHub是开源低代码知识图谱应用平台,采用数据驱动架构,支持RDF原生FAIR数据环境,可管理数据、创建可视化及构建知识图谱应用,为研究人员提供符合FAIR原则的Linked Data环境,为开发人员提供声明式全栈开发框架,无需命令式代码即可自定义应用和UI。

下载次数: 0状态:社区镜像维护者:atomgraph仓库类型:镜像最近更新:20 天前
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LinkedDataHub:低代码知识图谱应用平台

LinkedDataHub (LDH) 是一款开源软件,可用于管理数据、创建可视化以及构建基于RDF知识图谱的应用。

!https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub/raw/master/screenshots.png

LinkedDataHub v3有哪些新功能?观看以下视频了解功能概述: ![LinkedDataHub v3新功能概述]([***]

该项目最初旨在用于关联数据发布,但逐渐发展为多用途数据驱动平台。

LinkedDataHub主要面向两类用户:

  • 需要RDF原生FAIR数据环境的研究人员,该环境可消费和收集关联数据及SPARQL文档,并遵循FAIR原则
  • 寻求知识图谱应用开发声明式全栈框架的开发人员,提供开箱即用的UI和API

LinkedDataHub的独特之处在于其完全数据驱动架构:应用和文档被定义为数据,通过单一通用HTTP API管理,并使用声明式技术呈现。提供默认应用结构和用户界面,但可完全覆盖和自定义。除非需要自定义服务器端处理,否则无需涉及Java或JavaScript等命令式代码。

遵循https://atomgraph.github.io/LinkedDataHub/linkeddatahub/docs/get-started/%E6%8C%87%E5%8D%97%E5%BC%80%E5%A7%8B%E4%BD%BF%E7%94%A8LinkedDataHub%E3%80%82 下文提供安装和基本配置部分,帮助您快速启动。

LinkedDataHub也可作为免费AWS Marketplace产品使用!
只需点击几下并填写表单,即可将产品安装到您自己的AWS账户中,无需手动设置或配置!

安装

点击展开

环境要求

  • bash shell 4.x(Linux默认包含;Windows可安装Windows Subsystem for Linux)
  • Java的keytool(需在$PATH中,JDK自带)
  • openssl(需在$PATH中)
  • uuidgen(需在$PATH中)
  • Docker(建议Docker分配至少8GB内存)
  • Docker Compose

安装步骤

  1. https://guides.github.com/activities/forking/ 此仓库并克隆到本地文件夹
  2. 在文件夹中创建.env文件,填写必要值(可使用https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub/blob/master/.env_sample%E4%BD%9C%E4%B8%BA%E6%A8%A1%E6%9D%BF%EF%BC%89%E3%80%82%E7%A4%BA%E4%BE%8B%EF%BC%9A
    COMPOSE_CONVERT_WINDOWS_PATHS=1
    COMPOSE_PROJECT_NAME=linkeddatahub
    
    PROTOCOL=https
    HTTP_PORT=81
    HTTPS_PORT=4443
    HOST=localhost
    ABS_PATH=/
    
    OWNER_MBOX=john@doe.com
    OWNER_GIVEN_NAME=John
    OWNER_FAMILY_NAME=Doe
    OWNER_ORG_UNIT=My unit
    OWNER_ORGANIZATION=My org
    OWNER_LOCALITY=Copenhagen
    OWNER_STATE_OR_PROVINCE=Denmark
    OWNER_COUNTRY_NAME=DK
    
  3. 通过命令行生成SSL证书/密钥(将$owner_cert_pwd和$secretary_cert_pwd替换为自定义密码):
    ./scripts/setup.sh .env ssl $owner_cert_pwd $secretary_cert_pwd 3650
    
    脚本将创建ssl子文件夹,存放SSL证书和/或公钥。
  4. 通过命令行启动应用服务:
    docker-compose up --build
    
    该命令将构建LinkedDataHub的Docker镜像,启动容器并挂载以下子文件夹:
    • data:三元组存储持久化RDF数据
    • uploads:LDH存储内容哈希文件上传 首次启动约需半分钟(数据集加载到三元组存储)。启动成功后,Docker日志最后一行类似:
    linkeddatahub_1     | 09-Feb-2021 14:18:10.536 INFO [main] org.apache.catalina.startup.Catalina.start Server startup in [32609] milliseconds
    
  5. 将ssl/owner/keystore.p12导入浏览器(密码为setup.sh中提供的$owner_cert_pwd):
    • Google Chrome:设置 > 高级 > 管理证书 > 导入...
    • Mozilla Firefox:选项 > 隐私与安全 > 查看证书... > 导入...
    • Apple Safari:直接安装到系统,通过Keychain Access工具导入(拖至local区域)
    • Microsoft Edge:不支持证书管理,需安装到Windows,详见
  6. 在浏览器中打开 https://localhost:4443/

注意事项

  • 由于nginx依赖LinkedDataHub健康检查(每20秒一次),Web服务器可能需要最多一分钟才可用
  • 由于自签名服务器证书,浏览器可能显示警告(如Chrome的“您的连接不是私密连接”或Firefox的“潜在安全风险 ahead”),忽略警告:点击“高级”并“继续”或“接受风险”
    • 若Chrome中无此选项(部分macOS设备),可打开chrome://flags/#allow-insecure-localhost,将“允许来自localhost的无效证书”设为“启用”并重启Chrome
  • 在macOS Finder中,.env_sample和.env可能隐藏(以点开头的文件),可通过终端创建
  • Linux系统中,用户可能需加入docker组:
sudo usermod -aG docker ${USER}

重新登录用户。不推荐的替代方法:

sudo docker-compose up

配置

点击展开

基础URI

常见场景是将默认基础URI https://localhost:4443/ 更改为自定义URI。

以 https://ec2-54-235-229-141.compute-1.amazonaws.com/linkeddatahub/ 为例,需将URI拆分为组件并在.env文件中设置:

PROTOCOL=https
HTTP_PORT=80
HTTPS_PORT=443
HOST=ec2-54-235-229-141.compute-1.amazonaws.com
ABS_PATH=/linkeddatahub/

ABS_PATH为必填项,即使仅为/。

数据空间

数据空间在 https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub/blob/master/config/system-varnish.trig 中配置。相对URI将基于.env中配置的基础URI解析。

:warning: 不要使用空白节点标识应用或服务。建议使用urn: URI方案,因为LinkedDataHub应用资源无法通过自身数据空间访问。

环境变量

LinkedDataHub支持通过docker-compose.yml中的环境参数配置多项选项,常见选项如下:

CATALINA_OPTS
Tomcat的命令行选项
SELF_SIGNED_CERT
服务器证书是否为自签名(true表示是)
SIGN_UP_CERT_VALIDITY
注册用户WebID证书的有效期(非所有者证书)
IMPORT_KEEPALIVE
数据导入HTTP连接超时时间(毫秒),导入大文件时需设置更长时间以确保完成
MAX_CONTENT_LENGTH
请求体的最大允许大小(字节)
MAIL_SMTP_HOST
邮件服务器主机名
MAIL_SMTP_PORT
邮件服务器端口号
GOOGLE_CLIENT_ID
Google OAuth 2.0客户端ID,提供后启用“使用Google登录”认证方式
GOOGLE_CLIENT_SECRET
Google客户端密钥

更多选项详见https://atomgraph.github.io/LinkedDataHub/linkeddatahub/docs/reference/configuration/%E3%80%82

重置

如需重置设置(如配置新基础URI后),可执行:

sudo rm -rf data uploads && docker-compose down -v

:warning: 此操作将删除持久化数据、文件及Docker卷。

https://atomgraph.github.io/LinkedDataHub/linkeddatahub/docs/

  • https://atomgraph.github.io/LinkedDataHub/linkeddatahub/docs/get-started/
  • https://atomgraph.github.io/LinkedDataHub/linkeddatahub/docs/reference/
  • https://atomgraph.github.io/LinkedDataHub/linkeddatahub/docs/user-guide/

https://atomgraph.github.io/LinkedDataHub/linkeddatahub/docs/reference/command-line-interface/

LinkedDataHub CLI将HTTP API封装为一组带便捷参数的shell脚本,适用于测试、自动化、定时执行等场景。通过CLI执行操作通常比UI更快捷且易于复现。

脚本位于 https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub/tree/master/scripts 子文件夹。

:warning: CLI脚本内部使用Jena的CLI命令,运行前需配置Jena环境。

所有命令行工具通过环境变量JENA_HOME自动配置类路径,设置方法如下:

Linux / Mac

export JENA_HOME=Jena下载目录
export PATH="$PATH:$JENA_HOME/bin"

示例应用

第三方应用

  • KGDN - 开源协作项目,记录RDF知识图谱技术(包括RDF、SPARQL、OWL、SHACL)
  • https://github.com/tmciver/ldh-uploader - 用于向LinkedDataHub实例上传文件或目录的shell脚本集合(作者:https://github.com/tmciver%EF%BC%89

https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub-Apps

可通过提供的CLI脚本将这些演示应用安装到LinkedDataHub实例。

:warning: 运行使用LinkedDataHub CLI脚本的应用安装脚本前,需设置环境变量SCRIPT_ROOT为LinkedDataHub克隆仓库的https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub/tree/master/scripts%E5%AD%90%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%A4%B9%E8%B7%AF%E5%BE%84%E3%80%82 示例:

export SCRIPT_ROOT="/c/Users/namedgraph/WebRoot/AtomGraph/LinkedDataHub/scripts"

参与方式

  • 贡献新LDH应用或修改https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub-Apps
  • 处理良好首提issue
  • 开发路线图中的功能
  • 加入社区

测试套件

LinkedDataHub包含HTTP https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub/tree/master/http-tests%E3%80%82%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E5%99%A8%E5%AE%9E%E7%8E%B0%E8%BF%98%E9%80%9A%E8%BF%87https://github.com/AtomGraph/Processor/tree/master/http-tests%E8%A6%86%E7%9B%96%E3%80%82

!https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub/workflows/HTTP-tests/badge.svg?branch=master !https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub/workflows/HTTP-tests/badge.svg?branch=develop

依赖项

浏览器

  • Saxon-JS
  • https://github.com/AtomGraph/sparql-builder
  • OpenLayers
  • Google Charts

Java

  • https://eclipse-ee4j.github.io/jersey/
  • XOM
  • https://javaee.github.io/javamail/
  • https://github.com/google/guava
  • https://github.com/auth0/java-jwt
  • https://github.com/jhalterman/expiringmap
  • https://github.com/AtomGraph/CSV2RDF
  • https://github.com/AtomGraph/Processor
  • https://github.com/AtomGraph/Web-Client

Docker

  • https://hub.docker.com/_/nginx
  • https://hub.docker.com/_/varnish
  • https://hub.docker.com/r/atomgraph/fuseki
  • https://hub.docker.com/r/namshi/smtp

支持

如遇bug或功能请求,请https://github.com/AtomGraph/LinkedDataHub/issues%E3%80%82

AtomGraph 提供商业咨询、开发和支持服务。

社区

  • ***(邮件列表)
  • linkeddatahub/Lobby(Gitter)
  • @atomgraphhq(***)
  • AtomGraph(LinkedIn)

镜像拉取方式

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使用方法:

  • 登录认证方式
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docker pull atomgraph/linkeddatahub:<标签>

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