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avsastry/fasterq-dump
avsastry
该镜像包含NCBI sratoolkit工具集，核心功能是通过fasterq-dump快速提取SRA文件中的FASTQ测序数据，适用于生物信息学数据分析场景。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：avsastry仓库类型：镜像最近更新：5 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明
如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
avsastry/fasterq-dump镜像说明
镜像概述
本镜像基于Ubuntu 18.04系统构建，集成了NCBI sratoolkit 2.9.6工具集及pigz等辅助工具，旨在提供高效的SRA（Sequence Read Archive）数据处理能力，支持生物信息学领域的测序数据格式转换与提取。
核心功能
- FASTQ数据提取：通过
fasterq-dump工具快速将SRA格式文件转换为FASTQ格式序列； - 高效压缩：集成pigz工具，支持数据的快速压缩与解压缩，提升处理效率；
- SRA数据管理：包含sratoolkit中的其他辅助工具（如prefetch），支持SRA数据的下载与管理。
使用场景
- 生物信息学研究中，将SRA格式测序数据转换为FASTQ格式，用于后续比对、组装等分析；
- 实验室或科研机构批量处理SRA数据，满足大规模数据分析需求。
配置说明
- 镜像预设NCBI数据存储目录
//ncbi/public，并开放读写权限； - sratoolkit工具已加入环境变量，可直接在命令行调用。
部署示例
Docker Run命令
提取指定SRA数据到本地目录：
bashdocker run -v /your/local/data:/data avsastry/fasterq-dump fasterq-dump SRR1234567 -O /data
（注：将/your/local/data替换为本地存储路径，SRR1234567替换为目标SRA编号）
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 fasterq-dump 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/avsastry/fasterq-dump:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull avsastry/fasterq-dump:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"