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BRAVO镜像说明

BRAVO（BRowse All Variants Online）是一款容器化的基因组变体在线浏览工具，支持基因组数据的预处理、注释、存储与可视化，帮助科研人员高效分析与共享变体信息。

核心功能

• VCF数据处理：等位基因计数计算、直方图生成、VEP注释及CADD评分添加；
• 覆盖度分析：基于BAM/CRAM文件生成碱基对覆盖度数据及多分辨率可视化文件；
• CRAM可视化：合并变异携带者的CRAM文件，支持IGV.js在线查看原始测序数据；
• 访问控制：Google OAuth 2.0认证、***白名单、使用条款同意机制；
• 数据管理：MongoDB数据加载、备份与恢复功能。

使用场景

• 基因组研究机构：分析大规模人群基因组变体数据；
• 临床实验室：查看特定基因变异的注释与覆盖度信息；
• 科研团队：共享变体数据并进行在线协作分析。

配置说明

系统设置

1. 运行setup.sh安装依赖（Docker CE、Docker Compose、Google Cloud SDK）；
2. 脚本自动创建/data目录结构，用于存储缓存、覆盖度、CRAM等数据。

应用配置

• 修改config/default.py中的代理模式、认证参数等项目设置；
• 配置Apache反向代理：启用mod_proxy/mod_proxy_http模块，设置PROXY=True。

访问控制

1. Google OAuth认证：
   • 确保应用通过HTTPS访问；
   • 在Google开发者控制台创建项目，获取Client ID/Secret并配置回调URL；
   • 在default.py中设置GOOGLE_AUTH=True并填入认证参数。
2. ***白名单：启用认证后，设置EMAIL_WHITELIST=True，通过./manage.py whitelist -w emails.txt导入白名单。
3. 使用条款：设置TERMS=True，编辑templates/terms.html添加条款内容。

Docker部署示例

启动应用

bash
docker-compose up -d

停止应用

bash
docker-compose down

重新构建（修改配置后）

bash
docker-compose down && docker-compose up --build -d

数据准备与加载

1. VCF预处理：编译工具→计算等位基因计数→VEP注释→添加CADD评分；
2. 覆盖度计算：提取BAM/CRAM深度→聚合覆盖度→生成多分辨率文件；
3. CRAM合并：提取变异携带者reads→生成***化合并CRAM；
4. 数据加载：运行data-import.sh脚本将数据导入MongoDB（需适配环境）。

数据备份与恢复

使用backup-cmds.sh脚本进行MongoDB数据备份与恢复，支持将备份文件存储到Google Cloud Storage等平台。