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BioContainers 镜像文档

1. 概述

1.1 什么是BioContainers？

BioContainers项目旨在利用Docker或rkt等容器技术解决生物信息学软件的开发与分发问题。作为社区驱动项目，它提供基础设施和规范，用于创建、管理和分发生物信息学容器，特别关注蛋白质组学、基因组学、转录组学和代谢组学等组学领域。已实现的容器可促进软件使用和结果重现，能集成到生物信息学流程中，适用于本地桌面、云环境及HPC集群等架构。

1.2 目标与宗旨

• 提供基础规范和镜像，简化生物信息学/蛋白质组学软件的构建与部署，包含源代码和示例
• 提供一系列可供生物信息学社区直接使用的容器（https://github.com/BioContainers/containers）
• 定义标准化容器构建指南，确保容器可与其他工具协同工作
• 建立完整的容器开发、部署和测试基础设施，支持Travis CI、Shippable等持续集成工具
• 为缺乏生物信息学支持的研究人员提供容器部署支持
• 提供创建可重现流程的指南，通过特定容器版本确保结果一致性和可追溯性
• 协调开发人员与生物信息学家，制定文档和软件开发最佳实践

2. 容器

2.1 什么是容器？

容器基于现有操作系统构建，与虚拟机不同，它不包含完整的 guest OS，而是使用优化的系统库并利用主机OS的内存管理和进程控制。容器通常围绕特定软件构建，可通过实例化镜像使其可执行。

2.2 为什么需要使用容器？

生物信息学分析通常需要安装和配置多个工具及依赖，过程耗时且复杂。BioContainers提供即用型软件包，可轻松部署于本地机器、HPC和云架构，简化分析流程。

2.3 如何使用BioContainer？

BioContainers主要在两个 registry 中提供：

• https://hub.docker.com/u/biodckr/：基于Docker的容器，需Docker环境
• https://quay.io/organization/biodckr：支持Docker和rkt的容器

完整使用文档参见http://BioDocker.org/docs。

2.4 BioContainers架构

BioContainers工作流程如下：

2.4.1 请求容器

用户可通过在http://github.com/BioContainers/sandbox/issues提交issue请求容器，需包含软件名称、代码/二进制文件URL及软件信息（遵循http://github.com/BioContainers/container-specs.md）。容器部署完成后，issue将被关闭。

2.4.2 使用容器

容器就绪后，用户会收到通知，可通过以下命令获取容器：

bash
# Docker示例
docker pull docker.xuanyuan.run/biodckr/[软件名]

# rkt示例
rkt fetch quay.io/biodckr/[软件名]

3. 开发容器

3.1 构建方式

• 克隆包含软件配方的GitHub仓库，本地构建
• 通过docker守护进程搜索即用型容器版本

3.2 开发环境要求

• Linux操作系统
• Docker或rkt守护进程
• 待容器化的软件

3.3 创建基于Docker的BioContainer

1. 创建Dockerfile（定义操作系统、软件下载、安装及访问方式）
2. 参考https://docs.docker.com/reference/builder/了解语法
3. 容器就绪后联系项目团队，通过自动化构建系统发布

3.4 创建基于rkt的BioContainer

1. 创建rkt容器定义文件（指定操作系统、软件管理及访问配置）
2. 参考https://github.com/coreos/rkt/blob/master/Documentation/getting-started-guide.md
3. 容器就绪后联系项目团队，通过自动化构建系统发布

4. 支持

4.1 参与方式

BioContainers是社区驱动项目，欢迎以下参与方式：

• 浏览容器列表
• 提出新软件或功能建议
• 反馈问题或改进意见
• 贡献容器开发或文档完善

更多信息：

• 官网：[***]
• 项目定义：https://github.com/BioContainers/specs
• 贡献指南：https://github.com/BioContainers/specs/blob/master/CONTRIBUTING.md
• 社区交流：https://gitter.im/biocontainers/Lobby
• 联系***：***

许可证：http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0