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BioContainers 镜像文档

概述

BioContainers是一个社区驱动的项目，旨在利用Docker或rkt等容器技术解决生物信息学软件的开发、分发和运行环境一致性问题。该项目专注于组学领域（如蛋白质组学、基因组学、转录组学和代谢组学），提供标准化的容器基础设施和指南，方便创建、管理和分发生物信息学容器，支持本地桌面、云环境及HPC集群等多种架构。

最新信息请访问：[***]

核心功能与特性

主要目标

• 提供基础规范和镜像，简化生物信息学/蛋白质组学软件的构建与部署，包含源代码和示例
• 提供一系列可直接使用的容器（https://github.com/BioContainers/containers%EF%BC%89
• 定义标准化容器指南，确保容器可与其他工具和容器协同工作
• 构建完整的容器开发、部署和测试基础设施，支持Travis CI、Shippable等持续集成工具
• 为缺乏生物信息学支持的研究人员提供容器部署支持
• 提供可重现流程的指南，通过指定容器版本确保结果一致性
• 协调开发者和生物信息学家，制定文档和软件开发最佳实践

容器基础

什么是容器？

容器基于现有操作系统构建，与虚拟机不同，容器不包含完整的 guest OS，而是使用优化的系统库并共享主机OS的内存管理和进程控制。容器通常围绕特定软件构建，可通过实例化镜像执行。

为什么需要使用容器？

生物信息学分析通常需要安装和配置多个工具，过程耗时且需处理复杂依赖。BioContainers提供即用型工具包，可轻松部署于本地机器、HPC和云架构。

如何使用BioContainer？

BioContainers主要在两个 registry 中列出：

• Docker Hub：https://hub.docker.com/u/biodckr/%EF%BC%88%E5%9F%BA%E4%BA%8EDocker%E7%9A%84%E5%AE%B9%E5%99%A8%EF%BC%89
• QUAY Hub：[***]

完整使用文档请参见：[***]

BioContainers架构

BioContainers工作流包括：

1. 请求容器：用户通过GitHub sandbox仓库提交issue请求容器
2. 使用容器：容器部署后，用户通过docker或rkt获取并使用
3. 开发容器：社区开发者创建和贡献新容器

请求容器

用户可通过在 http://github.com/BioContainers/sandbox/issues 提交issue请求容器，需包含软件名称、代码/二进制URL及软件信息（参见http://github.com/BioContainers/container-specs.md%EF%BC%89%E3%80%82%E5%AE%B9%E5%99%A8%E9%83%A8%E7%BD%B2%E5%AE%8C%E6%88%90%E5%90%8E%EF%BC%8Cissue%E5%B0%86%E8%A2%AB%E5%85%B3%E9%97%AD%E3%80%82

使用容器

容器部署后，用户会收到通知，可通过docker或rkt拉取容器：

bash
# Docker示例
docker pull biodckr/[容器名称]:[版本]

# rkt示例
rkt fetch quay.io/biodckr/[容器名称]:[版本]

开发容器

开发环境要求

• Linux操作系统
• Docker或rkt守护进程
• 待容器化的软件

构建容器的方式

1. 克隆软件的GitHub仓库，在本地构建
2. 通过docker守护进程搜索现成的容器化软件

创建Docker容器

创建Dockerfile定义容器构建流程，包括基础OS、软件下载、安装和访问配置。参考Docker文档。容器就绪后，可联系项目团队通过自动化构建系统发布。

创建rkt容器

创建rkt配置文件定义容器构建流程。参考https://github.com/coreos/rkt/blob/master/Documentation/getting-started-guide.md%E3%80%82%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%B0%B1%E7%BB%AA%E5%90%8E%EF%BC%8C%E5%8F%AF%E8%81%94%E7%B3%BB%E9%A1%B9%E7%9B%AE%E5%9B%A2%E9%98%9F%E9%80%9A%E8%BF%87%E8%87%AA%E5%8A%A8%E5%8C%96%E6%9E%84%E5%BB%BA%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E5%8F%91%E5%B8%83%E3%80%82

支持与参与

参与方式

BioContainers是社区驱动项目，欢迎各类贡献：

• 浏览容器列表
• 提出新软件或功能建议
• 参与讨论，反馈改进意见

链接与资源

• 网页：[***]
• 项目定义：https://github.com/BioContainers/specs
• 贡献规则：https://github.com/BioContainers/specs/blob/master/CONTRIBUTING.md
• 项目Wiki：https://github.com/BioContainers/specs/wiki
• 容器库：https://github.com/BioContainers/containers
• 开发沙箱：https://github.com/BioContainers/sandbox
• ：

许可

Apache 2