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IPO 镜像文档

镜像概述

IPO（Isotopologue Parameter Optimization）是一款用于自动化优化XCMS参数的工具，专为无目标代谢组学数据处理设计。无目标代谢组学产生大量数据，数据处理结果高度依赖算法参数设置，不当参数易导致结果偏差。IPO无需复杂实验标记步骤、速度快且适用性广，可处理不同样本类型、不同液相色谱-高分辨质谱方法及不同仪器产生的数据。其通过天然稳定13C同位素峰计算峰提取分数优化XCMS峰提取参数，通过最小化峰组内相对保留时间差异优化保留时间校正，通过最大化合并样本各次进样均出现一个峰的峰组数量优化分组参数，有效提升代谢组学数据可靠性。

核心功能和特性

• 峰提取参数优化：利用天然稳定13C同位素峰计算峰提取分数，优化XCMS峰提取参数。
• 保留时间校正优化：通过最小化峰组内相对保留时间差异，优化保留时间校正效果。
• 分组参数优化：通过最大化合并样本各次进样均出现一个峰的峰组数量，优化分组参数。

功能与适用范围

功能

• 参数优化/参数选择优化

适用研究领域

• 代谢组学/无目标代谢组学

适用仪器数据类型

• 质谱（MS）/液相色谱-质谱（LC-MS）

工具及容器贡献者

工具作者

• Gunnar Libiseller（Joanneum Research Forschungsgesellschaft m.b.H.，HEALTH，生物医学与健康科学研究所）
• Michaela Dvorzak（Joanneum Research Forschungsgesellschaft m.b.H.，HEALTH，生物医学与健康科学研究所）
• Ulrike Kleb（Joanneum Research Forschungsgesellschaft m.b.H.，HEALTH，生物医学与健康科学研究所）

容器贡献者

• https://github.com/CS76%EF%BC%88EMBL-EBI%EF%BC%89
• https://github.com/pcm32%EF%BC%88EMBL-EBI%EF%BC%89
• https://github.com/proccaserra%EF%BC%88%E7%89%9B%E6%B4%A5%E5%A4%A7%E5%AD%A6%EF%BC%89
• https://github.com/gabrielctn%EF%BC%88IPB Halle）

相关链接

• 项目网站：https://github.com/rietho/IPO
• Git仓库：https://github.com/phnmnl/container-ipo.git

使用方法和配置说明

该容器已集成到Phenomenal的Galaxy界面中，也可本地测试使用，通过覆盖Dockerfile的入口点实现。

方法一：使用Git仓库

1. 克隆仓库：

   bash
   git clone https://github.com/phnmnl/container-ipo.git
   

2. 构建镜像：在本地仓库主目录执行：

   bash
   docker build -t ipo .
   

3. 运行容器：

   bash
   docker run --entrypoint "runIPO.R" ipo -i /complete/path/to/filesPaths -o /complete/path/to/out
   

   Mac OS X（使用docker-machine）：由于存在中间VM，建议挂载高层目录（如/Users）：

   bash
   docker run --entrypoint "runIPO.R" -v /Users:/Users ipo -i /Users/yourUser/path/to/filesPaths -o /Users/yourUser/path/to/out
   

4. 查看可用选项：

   bash
   docker run --entrypoint "runIPO.R" ipo
   

方法二：使用Phenomenal容器

1. 拉取容器：

   bash
   docker pull container-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/ipo
   

2. 重命名标签（可选）：

   bash
   docker tag container-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/ipo:latest <short_fancy_name>:latest
   

3. 运行容器（挂载数据目录）：

   bash
   docker run --entrypoint "runIPO.R" -v /complete/local/path/to/dir:/path/in/container <short_fancy_name> -i /path/in/container/to/filesPaths -o /path/in/container/to/out
   

4. 查看可用选项：

   bash
   docker run --entrypoint "runIPO.R" <short_fancy_name>
   

相关文献

• Libiseller, G., Dvorzak, M., Kleb, U., Gander, E., Eisenberg, T., Madeo, F., ... & Magnes, C. (2015). IPO: a tool for automated optimization of XCMS parameters. BMC bioinformatics, 16(1), 1.