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Iso2Flux

版本: 0.2

镜像概述

Iso2Flux是一款基于Python的通量分析软件，专注于对大规模代谢模型的子网络进行13C代谢通量分析。该软件采用约束基于建模方法计算大型代谢网络的稳态通量，并利用这些通量预测子网络中的13C分布。给定13C实验数据后，Iso2Flux能够迭代优化，找到与实验数据最一致的稳态通量分布。

核心功能与特性

核心功能

• 基于约束的建模：通过约束条件计算代谢网络的稳态通量
• 13C代谢通量分析：针对13C标记数据进行通量分析与优化

主要特性

• 后处理：支持分析结果的后续处理与整理
• 统计分析：提供通量分布的统计评估
• 工作流支持：支持标准化的通量分析流程
• 同位素标记分析：专注于13C同位素标记数据的解析
• 质谱数据兼容：支持质谱(MS)类型的仪器数据

使用场景与适用范围

适用于代谢组学、系统生物学等领域，尤其适合需要对大规模代谢网络的子网络进行稳态13C通量分析的研究场景。可帮助研究人员通过13C标记实验数据，揭示代谢网络中的通量分布特征。

使用方法与配置说明

输入参数说明

Iso2Flux需要以下输入参数：

输出文件说明

Iso2Flux生成以下输出文件：

• unconstrained_fluxes.csv：整合示踪数据前的通量变异性分析结果
• best_label.csv：与实验测量最一致的模拟标记分布
• best_fluxes.csv：与实验测量最一致的通量分布
• confidence.csv：置信区间的上下限

Docker部署示例

基本运行命令

bash
docker run -v /本地数据路径:/data iso2flux:0.2 \
  --experimental_data_file /data/experimental_data.txt \
  --tracing_model /data/tracing_model.xlsx \
  --sbml_model /data/model.sbml \
  --time 24 \
  --factor condition1 \
  --parameters /data/params.csv \
  --quick_analysis

参数说明

• -v /本地数据路径:/data：将本地数据目录挂载到容器内的/data目录，确保输入文件可被容器访问
• 各参数需根据实际文件路径和实验条件调整

相关信息

工具作者

• Carles Foguet（巴塞罗那大学）
• Pedro de Atauri（巴塞罗那大学）
• Vitaly Selinvanov（巴塞罗那大学）
• Marta Cascante（巴塞罗那大学）

容器贡献者

• Pablo Moreno
• Carles Foguet

官方网站

• [***]

代码仓库

• [***]

相关文献

• Carles Foguet, Pedro de Atauri, Vitaly A. Selivanov, Marta Cascante. Iso2Flux: A new software for 13C fluxomics developed in the framework of PhenoMeNal