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biocontainers
自动构建
用于稳态13C通量分析的开源软件，基于Python实现，通过约束建模计算代谢网络稳态通量并预测13C分布，可迭代优化通量分布以匹配实验数据。
下载次数: 0状态：自动构建维护者：biocontainers仓库类型：镜像最近更新：7 年前
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Iso2Flux
版本: 0.2
镜像概述
Iso2Flux是一款基于Python的通量分析软件，专注于对大规模代谢模型的子网络进行13C代谢通量分析。该软件采用约束基于建模方法计算大型代谢网络的稳态通量，并利用这些通量预测子网络中的13C分布。给定13C实验数据后，Iso2Flux能够迭代优化，找到与实验数据最一致的稳态通量分布。
核心功能与特性
核心功能
- 基于约束的建模：通过约束条件计算代谢网络的稳态通量
- 13C代谢通量分析：针对13C标记数据进行通量分析与优化
主要特性
- 后处理：支持分析结果的后续处理与整理
- 统计分析：提供通量分布的统计评估
- 工作流支持：支持标准化的通量分析流程
- 同位素标记分析：专注于13C同位素标记数据的解析
- 质谱数据兼容：支持质谱(MS)类型的仪器数据
使用场景与适用范围
适用于代谢组学、系统生物学等领域，尤其适合需要对大规模代谢网络的子网络进行稳态13C通量分析的研究场景。可帮助研究人员通过13C标记实验数据，揭示代谢网络中的通量分布特征。
使用方法与配置说明
输入参数说明
Iso2Flux需要以下输入参数：
| 参数 | 说明 | 是否必需 |
|---|---|---|
| experimental_data_file | 包含同位素分布的处理后Metabolights文件名称 | 是 |
| tracing_model | 描述标记传播模型的文件，可为含2个标签页的xlsx文件（一个定义可模拟标记的代谢物，一个描述可传播标记的反应），或2个CSV文件（文件名用逗号分隔） | 是 |
| sbml_model | 描述约束基于模型的SBML文件名称 | 是 |
| time | 待评估的培养时间 | 是 |
| factor | 待评估的实验因素或条件 | 是 |
| parameters | 定义Iso2Flux额外参数的CSV文件 | 否 |
| constraints | 包含约束模型额外约束的文件 | 否 |
| quick_analysis | 禁用置信区间分析 | 否 |
输出文件说明
Iso2Flux生成以下输出文件：
unconstrained_fluxes.csv：整合示踪数据前的通量变异性分析结果best_label.csv：与实验测量最一致的模拟标记分布best_fluxes.csv：与实验测量最一致的通量分布confidence.csv：置信区间的上下限
Docker部署示例
基本运行命令
bashdocker run -v /本地数据路径:/data iso2flux:0.2 \ --experimental_data_file /data/experimental_data.txt \ --tracing_model /data/tracing_model.xlsx \ --sbml_model /data/model.sbml \ --time 24 \ --factor condition1 \ --parameters /data/params.csv \ --quick_analysis
参数说明
-v /本地数据路径:/data：将本地数据目录挂载到容器内的/data目录，确保输入文件可被容器访问- 各参数需根据实际文件路径和实验条件调整
相关信息
工具作者
- Carles Foguet（巴塞罗那大学）
- Pedro de Atauri（巴塞罗那大学）
- Vitaly Selinvanov（巴塞罗那大学）
- Marta Cascante（巴塞罗那大学）
容器贡献者
- https://github.com/pcm32
- https://github.com/cfoguet
官方网站
- https://github.com/cfoguet/iso2flux
代码仓库
- https://github.com/cfoguet/iso2flux
相关文献
- Carles Foguet, Pedro de Atauri, Vitaly A. Selivanov, Marta Cascante. Iso2Flux: A new software for 13C fluxomics developed in the framework of PhenoMeNal
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
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docker pull biocontainers/iso2flux:<标签>
镜像拉取常见问题
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