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MetaboliteIDConverter

版本: 0.4.0

镜像概述和主要用途

MetaboliteIDConverter是一款开源软件，用于通过知名数据库标识符（如InChIKey或ChEBI标识符）丰富代谢组学数据集。该模块支持代谢物标识符与数据库标识符之间的相互转换，基于Chemical Translation Service (CTS)[1]实现标识符转换功能。

核心功能和特性

支持的输入数据库

• InChIKey
• KEGG ID
• ChEBI
• Chemical Name（化学名称）

输出包含的代谢物标识符

• InChiKey
• InChI
• ChEBI
• KEGG ID
• PubChem CID
• HMDB ID
• ChemSpider
• CAS

核心功能

• 后处理（Post-processing）

使用场景和适用范围

适用于需要对代谢组学数据进行标识符标准化和丰富的研究场景，帮助科研人员将不同来源的代谢物标识符统一转换为多种数据库标准格式，便于后续数据分析和整合。

安装方法

本地安装容器：

bash
docker pull docker-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/metaboliteidconverter

使用方法和配置说明

基本使用命令

直接运行Docker镜像：

bash
docker run docker-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/metaboliteidconverter -inDB <inputDB> -inFile <inputfile> -outFile <file_out> 

参数说明

• <inputDB>: 输入数据库类型，可选值为：InChIKey、KEGG、ChEBI、Chemical Name
• <inputfile>: 输入文件路径
• <file_out>: 输出文件路径
• -headers: 可选参数，若TSV文件第一行为列标题，添加此参数以软件软件定位代码识别找标识符所在列

工具作者

• MetExplore Group，：

容器贡献者

• https://github.com/bmerlet90%EF%BC%88INRA Toulouse）

Git仓库

• https://github.com/phnmnl/container-MetaboliteIDConverter.git

未来发展

• 允许用户从CTS WebService可用的数据库列表中选择所需输出数据库
• 将代谢物链接到MetExplore的代谢网络数据库（可在[***][2]

参考文献

1. Wohlgemuth G, Haldiya PK, Willighagen E, Kind T, Fiehn O. The Chemical Translation Service—a web-based tool to improve standardization of metabolomic reports. Bioinformatics. 2010;26(20):2647-2648. doi:10.1093/bioinformatics/btq476.
2. Thiele I, Swainston N, Fleming RMT, et al. A community-driven global reconstruction of human metabolism. Nature biotechnology. 2013;31(5):10.1038/nbt.2488. doi:10.1038/nbt.2488.