biocontainers/metaboliteidconverter

biocontainers

自动构建

使用InChIKey、ChEBI等知名数据库标识符丰富代谢组学数据集的开源软件，支持代谢物标识符与数据库标识符之间的转换。

下载次数: 0状态：自动构建维护者：biocontainers仓库类型：镜像最近更新：7 年前

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https://xuanyuan.cloud/agents.md

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镜像标签列表与下载命令

MetaboliteIDConverter

版本: 0.4.0

镜像概述和主要用途

MetaboliteIDConverter是一款开源软件，用于通过知名数据库标识符（如InChIKey或ChEBI标识符）丰富代谢组学数据集。该模块支持代谢物标识符与数据库标识符之间的相互转换，基于Chemical Translation Service (CTS)[1]实现标识符转换功能。

核心功能和特性

支持的输入数据库

InChIKey
KEGG ID
ChEBI
Chemical Name（化学名称）

输出包含的代谢物标识符

InChiKey
InChI
ChEBI
KEGG ID
PubChem CID
HMDB ID
ChemSpider
CAS

核心功能

后处理（Post-processing）

使用场景和适用范围

适用于需要对代谢组学数据进行标识符标准化和丰富的研究场景，帮助科研人员将不同来源的代谢物标识符统一转换为多种数据库标准格式，便于后续数据分析和整合。

安装方法

本地安装容器：

bash
docker pull docker.xuanyuan.run/docker-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/metaboliteidconverter

使用方法和配置说明

基本使用命令

直接运行Docker镜像：

bash
docker run docker.xuanyuan.run/docker-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/metaboliteidconverter -inDB <inputDB> -inFile <inputfile> -outFile <file_out>

参数说明

<inputDB>: 输入数据库类型，可选值为：InChIKey、KEGG、ChEBI、Chemical Name
<inputfile>: 输入文件路径
<file_out>: 输出文件路径
-headers: 可选参数，若TSV文件第一行为列标题，添加此参数以软件软件定位代码识别找标识符所在列

工具作者

MetExplore Group，：

容器贡献者

https://github.com/bmerlet90%EF%BC%88INRA Toulouse）

Git仓库

https://github.com/phnmnl/container-MetaboliteIDConverter.git

未来发展

允许用户从CTS WebService可用的数据库列表中选择所需输出数据库
将代谢物链接到MetExplore的代谢网络数据库（可在[***][2]

参考文献

Wohlgemuth G, Haldiya PK, Willighagen E, Kind T, Fiehn O. The Chemical Translation Service—a web-based tool to improve standardization of metabolomic reports. Bioinformatics. 2010;26(20):2647-2648. doi:10.1093/bioinformatics/btq476.
Thiele I, Swainston N, Fleming RMT, et al. A community-driven global reconstruction of human metabolism. Nature biotechnology. 2013;31(5):10.1038/nbt.2488. doi:10.1038/nbt.2488.

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 metaboliteidconverter 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/biocontainers/metaboliteidconverter:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull biocontainers/metaboliteidconverter:<标签>

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