热门搜索:
biocontainers/metfrag-cli
自动构建
biocontainers
MetFrag的命令行界面，用于代谢物高精度串联质谱的注释，通过计算机模拟候选分子碎片化并与质荷比匹配，计算得分辅助分子结构鉴定，是代谢组学研究中的关键工具。
下载次数: 0状态：活跃维护者：biocontainers仓库类型：镜像最近更新：7 年前
MetFrag-CLI
版本: 0.2
镜像概述
MetFrag-CLI是MetFrag软件的命令行界面版本，用于代谢物高精度串联质谱的注释。这是分子结构鉴定的首要且关键步骤，通过对不同数据库中的候选分子进行计算机模拟碎片化，并与质荷比数值匹配，利用片段峰匹配计算得分，为候选谱图分配质量提供参考。
核心功能与特性
- 片段注释：对质谱数据中的片段进行注释
- 代谢组学应用：适用于代谢组学研究场景
- LC-MS/MS数据支持：兼容液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)数据
- 候选分子匹配：通过数据库搜索候选分子并进行碎片化模拟匹配
使用场景与适用范围
适用于代谢组学研究中，需要对LC-MS/MS数据进行代谢物结构鉴定的场景，包括但不限于：
- 科研机构的代谢物分析实验
- 药物研发中的代谢物鉴定
- 环境样本中未知代谢物的结构解析
安装方法
本地安装可通过Docker拉取镜像：
bashdocker pull docker-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/metfrag-cli
使用方法
基本使用命令
通过Docker直接运行，需挂载本地目录以实现数据持久化：
bashdocker run --volume=$PWD:/mnt:rw -i -t docker-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/metfrag-cli java -jar /usr/local/bin/MetFragCLI.jar PeakListPath=/mnt/Training-048.txt MetFragDatabaseType=PubChem IonizedPrecursorMass=345.0874 DatabaseSearchRelativeMassDeviation=5 FragmentPeakMatchAbsoluteMassDeviation=0.001 FragmentPeakMatchRelativeMassDeviation=5 PrecursorIonMode=-1 IsPositiveIonMode=FALSE MetFragScoreTypes=FragmenterScore MetFragScoreWeights=1.0 MetFragCandidateWriter=CSV SampleName=Training-048 ResultsPath=/mnt MaximumTreeDepth=1 MetFragPreProcessingCandidateFilter=UnconnectedCompoundFilter
参数说明
PeakListPath：质谱峰列表文件路径（需位于挂载的/mnt目录下）MetFragDatabaseType：数据库类型（如PubChem）IonizedPrecursorMass：离子化前体质量DatabaseSearchRelativeMassDeviation：数据库搜索相对质量偏差FragmentPeakMatchAbsoluteMassDeviation：片段峰匹配绝对质量偏差FragmentPeakMatchRelativeMassDeviation：片段峰匹配相对质量偏差PrecursorIonMode：前体离子模式IsPositiveIonMode：是否为正离子模式MetFragScoreTypes：评分类型MetFragScoreWeights：评分权重MetFragCandidateWriter：结果输出格式（如CSV）SampleName：样本名称ResultsPath：结果输出路径（需位于挂载的/mnt目录下）MaximumTreeDepth：最大树深度MetFragPreProcessingCandidateFilter：候选分子过滤方式
工具信息
工具作者
- Christoph Ruttkies (IPB-Halle)
容器贡献者
- https://github.com/korseby (IPB-Halle)
官方网站
- https://c-ruttkies.github.io/MetFrag/
Git仓库
- https://github.com/c-ruttkies/MetFragRelaunched
参考文献
- Ruttkies C, Schymanski EL, Wolf S, Hollender J, Neumann S. MetFrag relaunched: incorporating strategies beyond in silico fragmentation. Journal of Cheminformatics. 2016;8:3. doi:10.1186/s***-016-0115-9.
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 metfrag-cli 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/biocontainers/metfrag-cli:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull biocontainers/metfrag-cli:<标签>
轩辕镜像配置手册
探索更多轩辕镜像的使用方法，找到最适合您系统的配置方式
Docker 配置
登录仓库拉取
通过 Docker 登录认证访问私有仓库
专属域名拉取
无需登录使用专属域名
K8s Containerd
Kubernetes 集群配置 Containerd
K3s
K3s 轻量级 Kubernetes 镜像加速
Dev Containers
VS Code Dev Containers 配置
Podman
Podman 容器引擎配置
Singularity/Apptainer
HPC 科学计算容器配置
其他仓库配置
ghcr、Quay、nvcr 等镜像仓库
Harbor 镜像源配置
Harbor Proxy Repository 对接专属域名
Portainer 镜像源配置
Portainer Registries 加速拉取
Nexus 镜像源配置
Nexus3 Docker Proxy 内网缓存
系统配置
需要其他帮助？请查看我们的 常见问题Docker 镜像访问常见问题解答 或 提交工单
镜像拉取常见问题
使用与功能问题
配置了专属域名后，docker search 为什么会报错？
docker search 限制
Docker Hub 上有的镜像，为什么在轩辕镜像网站搜不到？
站内搜不到镜像
机器不能直连外网时，怎么用 docker save / load 迁镜像？
离线 save/load
docker pull 拉插件报错（plugin v1+json）怎么办？
插件要用 plugin install
WSL 里 Docker 拉镜像特别慢，怎么排查和优化？
WSL 拉取慢
轩辕镜像安全吗？如何用 digest 校验镜像没被篡改？
安全与 digest
第一次用轩辕镜像拉 Docker 镜像，要怎么登录和配置？
新手拉取配置
轩辕镜像合规吗？轩辕镜像的合规是怎么做的？
镜像合规机制
错误码与失败问题
docker pull 提示 manifest unknown 怎么办？
manifest unknown
docker pull 提示 no matching manifest 怎么办？
no matching manifest（架构）
镜像已拉取完成，却提示 invalid tar header 或 failed to register layer 怎么办？
invalid tar header（解压）
Docker pull 时 HTTPS / TLS 证书验证失败怎么办？
TLS 证书失败
Docker pull 时 DNS 解析超时或连不上仓库怎么办？
DNS 超时
docker 无法连接轩辕镜像域名怎么办？
域名连通性排查
Docker 拉取出现 410 Gone 怎么办？
410 Gone 排查
出现 402 或「流量用尽」提示怎么办？
402 与流量用尽
Docker 拉取提示 UNAUTHORIZED（401）怎么办？
401 认证失败
遇到 429 Too Many Requests（请求太频繁）怎么办？
429 限流
docker login 提示 Cannot autolaunch D-Bus，还算登录成功吗？
D-Bus 凭证提示
为什么会出现「单层超过 20GB」或 413，无法加速拉取？
413 与超大单层
账号 / 计费 / 权限
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"