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biocontainers/ms-vfetc自动构建
biocontainers
A container image definition for ms-vfetc
下载次数: 0状态：自动构建维护者：biocontainers仓库类型：镜像最近更新：7 年前
container-ms-vfetc
Version: 1.0.0
Short Description
A container image definition for ms-vfetc
Description
ms-vfetc is a tool to convert MS vendor export formats to a generic format that can easily be used in tools like R and Python/Pandas
Key features
- Converts exports from MS vendors (Agilent, Sciex, Shimadzu, and Waters) to generic format (2D dataframe).
Functionality
- Other Tools
Approaches
Instrument Data Types
Tool Authors
- Analytical BioSciences group at Leiden University
Container Contributors
- Michael van Vliet (Leiden University)
Website
- [***]
Git Repository
- [***]
Installation
Usage Instructions
For direct docker usage:
Clone/download the container (after making sure you have Docker installed properly).
bashdocker build -t vfetc .
bashdocker run -it --rm -v $PWD/ms-vfetc/data/tmp:/out --name vfetc-running vfetc files=data/vendor/agilent/example_batch1.txt,data/vendor/agilent/example_batch2.txt outputfile=/out/agilent.txt
Publications
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