热门搜索:
biocontainers/multivariate
biocontainers
自动构建
提供PCA、PLS(-DA)和OPLS(-DA)方法，用于组学数据的多变量分析，支持可视化、回归、分类和特征选择，适用于变量数量超过样本数且存在多重共线性的组学数据。
下载次数: 0状态：自动构建维护者：biocontainers仓库类型：镜像最近更新：7 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明
如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
W4M Multivariate
版本: 2.3.6
镜像概述和主要用途
W4M Multivariate镜像提供主成分分析（PCA）、偏最小二乘（PLS）及其判别分析（PLS-DA）、正交偏最小二乘（OPLS）及其判别分析（OPLS-DA）等多变量统计方法，用于组学数据的分析。这些方法特别适用于变量数量超过样本数且存在多重共线性的组学数据，可实现数据可视化、回归、分类和特征选择等功能。该镜像基于Bioconductor的ropls R包实现（Thevenot et al, 2015）。
核心功能和特性
核心功能
- 多变量统计分析：提供PCA、PLS、PLS-DA、OPLS、OPLS-DA等方法
- 模型评估：计算R²和Q²系数以确定最佳组件数，通过置换测试验证模型有效性
- 异常值检测：识别数据中的异常样本
- 变量重要性评估：提供变量投影重要性（VIP）、回归系数等指标评估变量重要性
- 可视化：生成得分图、载荷图、权重图等可视化结果
关键特性
- 支持组学数据（代谢组学、蛋白质组学、转录组学等）分析
- 分离建模与关注因素相关（预测性）和无关（正交）的变异（OPLS特性）
- 适用于光谱数据（如拉曼光谱、核磁共振NMR、质谱MS）及其他组学数据
使用场景和适用范围
适用场景
- 组学数据的多变量统计分析
- 高维数据（变量数>样本数）的降维和可视化
- 样本分类与回归分析
- 特征选择与变量重要性评估
- 模型有效性验证和异常值检测
适用数据类型
- 代谢组学（靶向和非靶向）
- 蛋白质组学
- 转录组学
- 光谱数据（如NMR、MS、拉曼光谱）
详细使用方法和配置说明
安装
本地单独安装：
bashdocker pull docker-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/multivariate
使用方法
直接通过Docker运行：
bashdocker run docker-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/multivariate ...
（注：...需替换为具体分析参数，具体参数可参考ropls R包文档或工具官方指南）
相关信息
工具作者
- Étienne Thévenot（CEA, LIST, MetaboHUB）
容器贡献者
- Pierrick Roger（CEA）
官方网站
- [***]
Git仓库
- https://github.com/phnmnl/container-multivariate.git
参考文献
- Thévenot EA, Roux A, Xu Y, Ezan E, Junot C. Analysis of the Human Adult Urinary Metabolome Variations with Age, Body Mass Index, and Gender by Implementing a Comprehensive Workflow for Univariate and OPLS Statistical Analyses. J Proteome Res. 2015;14(8):3322-35.
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 multivariate 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/biocontainers/multivariate:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull biocontainers/multivariate:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"