biocontainers/mzml2isa
biocontainers
自动构建
mzml2isa的Docker镜像，用于从mzML格式的原始代谢组学数据文件自动生成ISA-Tab文档结构元数据文件的Python工具容器。
下载次数: 0状态：自动构建维护者：biocontainers仓库类型：镜像最近更新：8 年前
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mzml2isa
Version: 1.0.0
镜像概述和主要用途
mzml2isa是一个Python3程序，能够从原始XML代谢组学数据文件（mzML开放获取数据格式）自动生成ISA-Tab文档结构元数据文件。该工具提供了ISA-Tab代谢组学研究的基础框架，生成的文件可通过ISA编辑工具（如ISAcreator）进行进一步编辑。本Docker镜像封装了该工具，便于快速部署和使用。
核心功能和特性
- 从mzML文件中提取元信息，并将其存储为Python字典或JSON格式
- 创建ISA-Tab文件结构，并填充相关的元信息
- 通过JSON格式字典向ISA-Tab文件添加无法从mzML文件解析的额外元数据
使用场景和适用范围
适用于代谢组学研究领域，需要将mzML格式的原始实验数据转换为标准化ISA-Tab格式元数据的场景，帮助研究人员实现实验数据的标准化注释和管理，为后续数据共享和分析提供基础。
安装方法
本地独立安装
bashdocker pull docker-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/mzml2isa
使用方法
直接Docker使用
bashdocker run docker-registry.phenomenal-h2020.eu/phnmnl/mzml2isa ...
工具作者
- Martin Larralde
容器贡献者
- https://github.com/pcm32 (EMBL-EBI)
相关链接
- 项目网站: https://github.com/ISA-tools/mzml2isa
- Git仓库: https://github.com/phnmnl/container-mzml2isa.git
参考文献
- Rocca-Serra, P., Brandizi, M., Maguire, E., Sklyar, N., Taylor, C., Begley, K., ... & Neumann, S. (2010). ISA software suite: supporting standards-compliant experimental annotation and enabling curation at the community level. Bioinformatics, 26(18), 2354-2356.
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 mzml2isa 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/biocontainers/mzml2isa:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull biocontainers/mzml2isa:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"