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已审核的生物信息学容器仓库

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• 网页：[***]
• 项目定义：https://github.com/BioContainers/specs
• 贡献规则：https://github.com/BioContainers/specs/blob/master/CONTRIBUTING.md
• 项目 Wiki：https://github.com/BioContainers/specs/wiki
• 容器：https://github.com/BioContainers/containers
• 容器开发：https://github.com/BioContainers/sandbox
• ****：

许可证

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

目录

1. 基本信息
   1.1. 什么是 BioContainers
   1.2. 目标与宗旨
2. 容器
   2.1. 什么是容器
   2.2. 为什么需要使用容器
   2.3. 如何使用 BioContainer
   2.4. BioContainers 架构
   2.4.1 如何请求容器
   2.4.2 使用容器
3. 开发容器
   3.1. 开发所需条件
   3.2. 如何创建容器
4. 支持
   4.1 参与贡献

1. 基本信息

1.1. 什么是 BioContainers？

BioContainers 项目源于使用容器技术（如 https://www.docker.com 或 https://github.com/coreos/rkt）封装生物信息学软件的想法。通过提供可控的统一运行环境，有助于解决软件开发和分发过程中的现有问题。BioContainers 是社区驱动的项目，提供基础设施和基本指南，用于创建、管理和分发生物信息学容器，特别关注蛋白质组学、基因组学、转录组学和代谢组学等组学领域。已实现的主要容器（https://github.com/BioContainers/containers）包含详细说明及使用示例。

当前可用的 BioContainers 容器简化了软件和算法的使用与重现，可集成到更全面的生物信息学流程中，并适用于多种架构（本地桌面、云环境或 HPC 集群）。项目还提供创建新容器的指南和规范，以及贡献方法。

1.2. 目标与宗旨

• 提供基础规范和镜像，便于构建和部署新的生物信息学/蛋白质组学软件，包括源代码和示例。
• 提供一系列可供生物信息学社区直接使用的容器（https://github.com/BioContainers/containers）。
• 定义一套指南和规范，以构建可与其他容器及生物信息学工具结合使用的标准化容器。
• 构建完整的基础设施，使用 Travis CI、Shippable 等持续集成工具或手动解决方案开发、部署和测试新的生物信息学容器。
• 为缺乏生物信息学支持的研究人员提供部署新容器的支持和帮助。
• 提供通过定义、复用和报告特定容器版本创建可重现流程的指南，确保结果一致性并保留历史版本。
• 协调开发者和生物信息学家，制定文档和软件开发的最佳实践。

2. 容器

2.1. 什么是容器？

容器基于现有操作系统构建，与虚拟机不同，容器不包含完整的 guest OS，而是使用优化的系统库，并利用主机 OS 的内存管理和进程控制。容器通常围绕特定软件构建，可通过实例化镜像执行。

2.2. 为什么需要使用容器？

生物信息学分析通常需要安装和配置多个工具和软件，此过程可能耗时数小时，且需处理多个依赖项。BioContainers 提供即用型软件包和工具，可轻松部署在本地机器、HPC 和云架构中。

2.3. 如何使用 BioContainer

BioContainers 主要在两个仓库中列出：

• https://hub.docker.com/u/biodckr/：基于 Docker 的容器，需使用 Docker 基础设施。
• https://quay.io/organization/biodckr：支持 Docker 和 rkt 的容器，可用于 rkt 基础设施。

有关使用 BioContainers 进行生物信息学分析的完整文档，请参见 http://BioDocker.org/docs。

2.4. BioContainers 架构

BioContainers 是社区驱动的项目，允许生物信息学家请求、构建和部署生物信息学工具容器。下图展示了 BioContainers 的通用工作流程：

以下部分详细解释工作流程：

• (i) 如何请求容器
• (ii) 使用 BioContainer
• (iii) 开发容器

2.4.1 如何请求容器

用户可通过在 http://github.com/BioContainers/sandbox/issues 提交 issue 请求容器（工作流程中用户 henrik 执行的第一步）。issue 应包含软件名称、代码或二进制文件的 URL，以及软件相关信息（参见 http://github.com/BioContainers/container-specs.md）。容器部署并正常运行后，开发者或贡献者将关闭该 issue。

2.4.2 使用容器

当容器部署完成且开发者关闭 GitHub 上的 issue 后，用户（如 henrik）将收到容器就绪的通知。用户可使用 http://www.docker.com 或 https://coreos.com/rkt/docs/latest/ 拉取相应容器。

3. 开发容器

3.1. 开发所需条件

BioContainers 基于 Linux 系统，因此需要安装 Linux 的计算机，以及 docker 或 rkt 守护进程，和待容器化的软件。

3.2. 如何创建容器

3.2.1 基于 Docker 的 BioContainer

需创建 Dockerfile，这是指导守护进程设置适当操作系统、下载、管理、安装软件并提供访问权限的简单脚本。可参考 https://docs.docker.com/reference/builder/ 获取更多信息。容器就绪后，可联系项目团队，通过自动化构建系统将容器向社区开放。

3.2.2 基于 rkt 的 BioContainer

需创建 rkt 容器定义文件，指导守护进程设置适当操作系统、下载、管理、安装软件并提供访问权限。可参考 https://github.com/coreos/rkt/blob/master/Documentation/getting-started-guide.md 获取更多信息。容器就绪后，可联系项目团队，通过自动化构建系统将容器向社区开放。

4. 支持

4.1. 参与贡献

无论您是希望将自己的软件作为容器提供给他人，还是在流程和分析中使用容器，或是提供意见，都非常欢迎参与。这是一个社区驱动的项目，每个人都有发言权。

以下是一些参与方式：

• 浏览容器列表
• 提出自己的想法或软件建议
• 与他人交流，指出可能缺失的功能