biocontainers/peptideshaker Docker 镜像 - 轩辕镜像 | Docker 镜像高效稳定拉取服务

BioContainers 镜像文档

1. 概述

1.1 什么是BioContainers？

BioContainers项目源于使用Docker或rkt等容器技术封装生物信息学软件的想法。通过提供可控的软件运行环境，解决生物信息学软件开发与分发中的问题。作为社区驱动项目，BioContainers提供基础设施和规范，用于创建、管理和分发生物信息学容器，特别关注蛋白质组学、基因组学、转录组学和代谢组学等组学领域。已实现的容器（[***]

1.2 目标与宗旨

• 提供基础规范和镜像，便于构建和部署新的生物信息学/蛋白质组学软件，包括源代码和示例。
• 提供一系列可供生物信息学社区直接使用的容器（[***]
• 定义标准化容器的指南和规范，确保容器可与其他容器及生物信息学工具协同使用。
• 构建完整的基础设施，利用Travis CI、Shippable等持续集成工具开发、部署和测试新的生物信息学容器。
• 为缺乏生物信息学支持的研究人员提供容器部署支持和帮助。
• 提供创建可重复流程的指南，通过定义、复用和报告特定容器版本，确保结果一致性和可追溯性。
• 协调开发者和生物信息学家，制定文档和软件开发的最佳实践。

2. 容器

2.1 什么是容器？

容器基于现有操作系统构建，与虚拟机不同，容器不包含完整的 guest OS，而是使用优化的系统库，并借助主机OS的内存管理和进程控制。容器通常围绕特定软件构建，可通过实例化镜像执行。

!容器示意图

2.2 为什么需要使用容器？

生物信息学分析通常需要安装和配置多个工具及软件，此过程可能耗时数小时，且需处理多个依赖项。BioContainers提供即开即用的软件包，可轻松部署在本地机器、HPC和云架构中，简化部署流程。

2.3 如何使用BioContainer？

BioContainers主要在两个 registry 中列出：

• Docker Hub：基于Docker的容器，需使用Docker基础设施。
• QUAY Hub：支持Docker和rkt的容器，可用于rkt基础设施。

有关使用BioContainers进行生物信息学分析的完整文档，请参见完整文档。

2.4 BioContainers架构

BioContainers是社区驱动项目，支持生物信息学家请求、构建和部署生物信息学工具容器。下图展示了BioContainers的通用工作流程：

!BioContainers工作流程

以下部分详细解释工作流程：

2.4.1 如何请求容器

用户可通过在sandbox仓库提交issue请求容器（工作流程中用户henrik执行的第一步）。issue需包含软件名称、代码或二进制文件的URL，以及软件相关信息（参见BioContainers规范）。容器部署并正常运行后，开发者或贡献者将关闭该issue。

2.4.2 使用BioContainer

当容器部署完成且开发者关闭GitHub上的issue后，用户（如henrik）将收到容器就绪的通知。用户可使用docker或rkt拉取或获取相应容器。

3. 开发容器

3.1 如何构建BioContainer？

构建容器有两种方式：

• 前往包含目标软件构建配方的GitHub仓库，克隆后在本地机器上构建。
• 使用docker守护进程搜索现成的容器化软件版本。

中央仓库中包含一系列带有docker配方的软件列表，可在其中找到使用说明。

3.2 开发所需环境

BioContainers基于Linux系统，因此需安装Linux的计算机，以及docker或rkt守护进程，和待容器化的软件。

3.3 如何创建基于Docker的BioContainer？

需创建Dockerfile，这是指导守护进程设置适当操作系统、下载、管理、安装软件并提供访问权限的简单配方。

有关Dockerfile的更多信息，可查看Docker文档。

容器就绪后，可联系项目团队，通过自动化构建系统将容器发布到社区。

3.4 如何创建基于rkt的BioContainer？

需创建rkt容器配方，指导守护进程设置适当操作系统、下载、管理、安装软件并提供访问权限。

有关rkt的更多信息，可查看rkt文档。

容器就绪后，可联系项目团队，通过自动化构建系统将容器发布到社区。

4. 支持

4.1 参与方式

无论您希望将自己的软件以容器形式分享、在流程和分析中使用容器，还是提供意见，都欢迎参与。这是一个社区驱动项目，每个人都有发言权。

以下是一些参与方向：

• 浏览容器列表
• 提出自己的想法或软件需求
• 与他人交流，指出缺失的功能或改进点

链接

• 网页：[***]
• 项目定义：[***]
• 贡献规则：[***]
• 项目Wiki：[***]
• 容器：[***]
• 容器开发：[***]
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许可证

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