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BioContainers 镜像文档

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容器

生物信息学容器的已批准仓库

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• 网页：[***]
• 项目定义：https://github.com/BioContainers/specs
• 贡献规则：https://github.com/BioContainers/specs/blob/master/CONTRIBUTING.md
• 项目 Wiki：https://github.com/BioContainers/specs/wiki
• 容器：https://github.com/BioContainers/containers
• 容器开发：https://github.com/BioContainers/sandbox
• ****：

许可证

Apache 2

目录

1. 基础信息
   1.1. 什么是 BioContainers
   1.2. 目标与宗旨
2. 容器
   2.1. 什么是容器
   2.2. 为什么需要使用容器
   2.3. 如何使用 BioContainer
   2.4. BioContainers 架构
   2.4.1 如何请求容器
   2.4.2 使用容器
3. 开发容器
   3.1. 如何构建 BioContainer
   3.2. 开发所需条件
   3.3. 如何创建基于 Docker 的 BioContainer
   3.4. 如何创建基于 rkt 的 BioContainer
4. 支持
   4.1 参与贡献

1. 基础信息

1.1. 什么是 BioContainers？

BioContainers 项目源于使用容器技术（如 Docker 或 https://github.com/coreos/rkt%EF%BC%89%E5%B0%81%E8%A3%85%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E7%9A%84%E6%83%B3%E6%B3%95%E3%80%82%E9%80%9A%E8%BF%87%E6%8F%90%E4%BE%9B%E9%80%9A%E7%94%A8%E4%B8%94%E5%8F%AF%E6%8E%A7%E7%9A%84%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E8%BF%90%E8%A1%8C%E7%8E%AF%E5%A2%83%EF%BC%8C%E6%9C%89%E5%8A%A9%E4%BA%8E%E8%A7%A3%E5%86%B3%E5%BD%93%E5%89%8D%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E5%BC%80%E5%8F%91%E5%92%8C%E5%88%86%E5%8F%91%E4%B8%AD%E7%9A%84%E9%83%A8%E5%88%86%E9%97%AE%E9%A2%98%E3%80%82BioContainers 是社区驱动的项目，提供基础设施和基本指南，用于创建、管理和分发生物信息学容器，特别关注蛋白质组学、基因组学、转录组学和代谢组学等组学领域。已在 BioContainers（https://github.com/BioContainers/containers%EF%BC%89%E4%B8%AD%E5%AE%9E%E7%8E%B0%E7%9A%84%E4%B8%BB%E8%A6%81%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%8C%85%E5%90%AB%E8%AF%A6%E7%BB%86%E8%AF%B4%E6%98%8E%E5%8F%8A%E4%BD%BF%E7%94%A8%E7%A4%BA%E4%BE%8B%E3%80%82%E7%9B%AE%E5%89%8D%E5%8F%AF%E7%94%A8%E7%9A%84 BioContainers 容器简化了软件和算法的使用与可重复性，可集成到更全面的生物信息学流程中，并适用于本地桌面、云环境或 HPC 集群等不同架构。项目还提供创建新容器及贡献至 BioContainers 的指南和规范。

1.2. 目标与宗旨

• 提供基础规范和镜像，以便轻松构建和部署新的生物信息学/蛋白质组学软件，包括源代码和示例。
• 提供一系列可供生物信息学社区直接使用的容器（https://github.com/BioContainers/containers%EF%BC%89%E3%80%82
• 定义一套指南和规范，以构建可与其他容器及生物信息学工具结合使用的标准化容器。
• 构建完整的基础设施，使用 Travis CI（[***]
• 为生物信息学社区提供支持和帮助，为缺乏生物信息学支持的研究人员部署新容器。
• 提供关于如何通过定义、复用和报告特定容器版本来创建可重复流程的指南和帮助，这些版本将始终产生完全相同的结果，并在容器历史中永久可用。
• 协调和整合开发人员与生物信息学家，制定文档和软件开发的最佳实践。

2. 容器

2.1. 什么是容器？

容器基于现有操作系统构建，与虚拟机不同，容器内部不包含完整的 guest OS，而是使用优化的系统库，并利用主机 OS 的内存管理和进程控制。容器通常围绕特定软件构建，可通过实例化镜像使其可执行。

!https://github.com/BioContainers/specs/blob/master/imgs/container.png

2.2. 为什么需要使用容器？

进行生物信息学分析时，通常需要安装和配置多个生物信息学工具和软件，此过程可能耗时数小时，且需要安装多个依赖项和工具，工作量大。BioContainers 提供即用型软件包和工具，可轻松部署并用于本地机器、HPC 和云架构。

2.3. 如何使用 BioContainer

BioContainers 主要在两个注册表中列出：

• https://hub.docker.com/u/biodckr/%EF%BC%9A%E5%9F%BA%E4%BA%8E Docker 的容器，可使用 Docker 基础设施。
• QUAY Hub：基于 Docker 和 rkt 的容器，可使用 rkt 基础设施。

有关如何使用 BioContainers 执行生物信息学分析的完整文档，请查看 完整文档。

2.4. BioContainers 架构

BioContainers 是社区驱动的项目，允许生物信息学家使用容器请求、构建和部署生物信息学工具。下图展示了 BioContainers 的一般工作流程：

!https://github.com/BioContainers/specs/blob/master/imgs//workflow.png

以下部分详细解释所示工作流程：

• (i) 如何请求容器
• (ii) 使用 BioContainer
• (iii) 开发容器

2.4.1 如何请求容器

用户可通过在 http://github.com/BioContainers/sandbox/issues 中提交 issue 请求容器（在上述工作流程中，这是用户 henrik 执行的第一步）。issue 应包含软件名称、代码或二进制文件的 URL 以及软件相关信息（参见 http://github.com/BioContainers/container-specs.md%EF%BC%89%E3%80%82%E5%BD%93%E5%AE%B9%E5%99%A8%E9%83%A8%E7%BD%B2%E5%B9%B6%E5%AE%8C%E5%85%A8%E5%8F%AF%E7%94%A8%E5%90%8E%EF%BC%8C%E5%BC%80%E5%8F%91%E8%80%85%E6%88%96 BioContainers 贡献者将关闭该 issue。

2.4.2 使用容器

当容器部署完成且开发者关闭 GitHub 上的 issue 后，用户（henrik）会收到容器就绪的通知。然后，用户可使用 docker 或 rkt 拉取相应容器。

3. 开发容器

3.1. 如何构建 BioContainer

有两种构建容器的方式：

• 前往包含所需软件配方的 GitHub 仓库，克隆后在本地机器上自行构建。
• 使用 docker 守护进程搜索所需软件的即用型容器化版本。

中央仓库中包含带有 docker 配方的软件列表，可在其中找到有关如何使用这些软件的更多信息。

3.2. 开发所需条件

BioContainers 基于 Linux 系统，因此需要安装 Linux 的计算机，还需要 docker 或 rkt 守护进程以及要容器化的软件。

3.3. 如何创建基于 Docker 的 BioContainer

准备就绪后，需创建 Dockerfile。Dockerfile 是简单的配方，用于指导守护进程如何设置适当的操作系统，以及如何下载、管理、安装软件并提供访问权限。

有关更多信息，可查看 Docker 文档。

容器准备就绪后，可联系我们进行适当安排，通过自动化构建系统将容器提供给社区使用。

3.4. 如何创建基于 rkt 的 BioContainer

准备就绪后，需创建 rkt 容器。rkt 容器是简单的配方，用于指导守护进程如何设置适当的操作系统，以及如何下载、管理、安装软件并提供访问权限。

有关更多信息，可查看 https://github.com/coreos/rkt/blob/master/Documentation/getting-started-guide.md%E3%80%82

容器准备就绪后，可联系我们进行适当安排，通过自动化构建系统将容器提供给社区使用。

4. 支持

4.1. 参与贡献

无论您想将自己的软件作为容器提供给他人使用，还是在流程和分析中使用容器，或仅提供意见，都非常欢迎。这是一个社区驱动的项目，每个人都有发言权。

以下是一些参与方向：

• 浏览容器列表
• 提出自己的想法或软件
• 如认为有缺失内容，与他人交流