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RaMID Docker镜像文档

镜像概述

RaMID是一个用于处理质谱数据的计算机程序，能够读取质谱仪生成的netCDF格式文件（包含m/z色谱图的时间序列数据），评估13C标记代谢物的质量同位素分布（MID），使其可用于后续的自然同位素校正。本Docker镜像基于GitHub仓库https://github.com/seliv55/RaMID%E6%9E%84%E5%BB%BA%EF%BC%8C%E6%8F%90%E4%BE%9B%E4%BE%BF%E6%8D%B7%E7%9A%84%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%8C%96%E9%83%A8%E7%BD%B2%E6%96%B9%E5%BC%8F%E3%80%82

核心功能与特性

核心功能

• 13C标记代谢物的质量同位素数据初步处理
• 原始数据预处理与工作流启动

技术特点

• 支持读取netCDF（CDF）格式的质谱原始文件
• 针对13C同位素标记分析优化的算法
• 输出格式兼容后续校正工具MIDcor

适用场景

• 13C同位素标记代谢组学研究
• ***omic分析前的质谱数据预处理
• 需要对13C标记代谢物进行质量同位素分布评估的实验

数据处理流程

1. 读取工作目录中的CDF文件
2. 分离选定m/z峰的时间序列（对应特定质量同位素体）
3. 校正每个选定m/z的基线
4. 选择受其他化合物污染最少、最能代表真实质量同位素分布的时间点
5. 评估质量同位素分布并保存为MIDcor可读格式
6. 校正电子轰击产生的H+损失、自然同位素丰度及峰重叠问题

安装方法

1. 进入包含Dockerfile的目录
2. 执行以下命令构建Docker镜像：

   bash
   sudo docker build -t ramid:0.1 .
   

使用说明

基本运行命令

bash
sudo docker run -i -t -v $PWD:/data ramid:0.1 -i /data/ramidin.csv -o /data/ramidout.csv -z /data/wd.zip

参数说明

• -i: 输入文件路径（CSV格式，如/data/ramidin.csv）
• -o: 输出文件路径（CSV格式，如/data/ramidout.csv）
• -z: 工作目录压缩包路径（如/data/wd.zip）
• -v $PWD:/data: 将当前目录挂载到容器内的/data目录，实现数据共享

输入输出格式

• 输入数据格式：Metabolights格式
• 输出数据格式：在输入格式基础上增加"corrected mass spectrum"列

工具作者与贡献者

• 工具作者：Vitaly Selivanov（巴塞罗那大学）
• 容器贡献者：Pablo Moreno（EBI）

相关资源

• Git仓库：https://github.com/seliv55/RaMID-docker