biojokke/virsorter2

镜像概述

biojokke/virsorter2镜像封装了VirSorter2工具，这是一款基于机器学习和参考数据库的宏基因组病毒序列识别工具，可从复杂宏基因组数据中精准检测病毒序列（包括原噬菌体），为病毒组研究提供高效解决方案。

核心功能

1. 病毒序列识别: 区分病毒与宿主序列，支持原噬菌体预测。
2. 多数据兼容: 适配Illumina短读长、Nanopore长读长等测序数据。
3. 智能模型: 利用训练模型提升识别准确性与效率。
4. 结果注释: 输出病毒分类、功能注释及置信度评分。

使用场景

• 环境样本（土壤、水体）的病毒多样性分析。
• 微生物组研究中病毒成分的鉴定与功能解析。
• 临床样本潜在病毒病原体的快速检测。

配置说明

1. 数据挂载: 需挂载输入数据目录、结果输出目录及VirSorter2数据库目录。
2. 数据库准备: 提前下载官方数据库（参考https://github.com/jiarong/VirSorter2%EF%BC%89%E3%80%82
3. 参数调整: 通过命令行参数设置序列长度阈值、置信度等（详见工具文档）。

Docker部署示例

基本运行命令

bash
# 前提：已下载VirSorter2数据库到./virsorter2_db目录
docker run -v $(pwd)/data:/data \
           -v $(pwd)/results:/results \
           -v $(pwd)/virsorter2_db:/db \
           biojokke/virsorter2 \
           virsorter2 run --input /data/metagenome.fasta \
                          --output /results/virsorter2_output \
                          --db-dir /db \
                          --min-length 500 \
                          --threshold 0.5

参数说明:

• --min-length: 病毒序列最小长度（默认500bp）。
• --threshold: 识别置信度阈值（0-1，默认0.5）。

查看帮助信息

bash
docker run biojokke/virsorter2 virsorter2 --help