bioraddbg/atac-seq-debarcode-dbg

bioraddbg/atac-seq-debarcode-dbg

镜像概述

本Docker容器提供易于使用的接口，用于专为Bio-Rad单细胞ATAC-seq化学定制的解条形码工具。只需将容器指向FASTQ文件目录，即可从读中解析bead条码并附加到读名，供下游处理使用。

核心功能

1. 从Read 1中解析条码序列，附加到Read 1和Read 2的读名
2. 将多个输入FASTQ文件合并为单个R1和R2文件
3. 仅保留正确解条形码的读进行合并
4. 作为Bio-Rad单细胞ATAC-seq工作流的必需步骤

使用场景

• 上游输入：Illumina测序仪生成的FASTQ文件（可选经过质量/适配器修剪）
• 下游输出：用于比对的单个R1/R2 FASTQ文件
• 适用场景：Bio-Rad单细胞ATAC-seq实验后的FASTQ预处理

配置说明

容器通过Docker卷挂载本地文件系统的输入/输出目录，处理逻辑为读取输入目录文件并写入输出目录。

典型用法

示例命令（将本地目录挂载到容器内并执行解条形码）：

bash
docker run \
    -v /path/to/sample/:/data/ \
    bioraddbg/atac-seq-debarcode-dbg \
    -i /data/fastq_files/ \
    -o /data/debarcoded_fastq_files/ \
    -f v2.1

参数说明：

• -v：本地/path/to/sample/挂载到容器/data/
• -i：容器内输入FASTQ目录路径
• -o：容器内输出目录路径
• -f：条码格式（仅支持v2.1）

执行后结果将写入本地/path/to/sample/debarcoded_fastq_files/。

高级用法（交互式）

覆盖入口点以交互式使用容器：

bash
docker run -it \
    -v /path/to/sample/:/data/ \
    --entrypoint "/bin/bash" \
    bioraddbg/atac-seq-debarcode-dbg

进入容器后可手动启动工具。

帮助信息

查看工具帮助：

bash
docker run bioraddbg/atac-seq-debarcode-dbg --help

输出：

console
usage: docker run -v /path/to/sample/:/data/ bioraddbg/atac-seq-debarcode-dbg -i input_dir -o output_dir -f v2.1

    -i | --input_directory     : 待解条形码的fastq文件目录  
    -o | --output_directory    : 输出文件目录  
    -f | --barcode_format      : v2.1  
    -h | --help                : 显示帮助信息