bioraddbg/atac-seq-macs2

bioraddbg/atac-seq-macs2 镜像说明

镜像概述

本Docker镜像为https://github.com/taoliu/MACS%E6%8F%90%E4%BE%9B%E6%98%93%E7%94%A8%E7%9A%84%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%8C%96%E6%8E%A5%E5%8F%A3%EF%BC%8C%E9%92%88%E5%AF%B9Bio-Rad%E5%8D%95%E7%BB%86%E8%83%9EATAC-seq%E5%8C%96%E5%AD%A6%E6%8A%80%E6%9C%AF%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E4%BA%86%E5%8F%82%E6%95%B0%E4%BC%98%E5%8C%96%EF%BC%8C%E7%94%A8%E4%BA%8ENGS%E5%B7%A5%E4%BD%9C%E6%B5%81%E4%B8%AD%E7%9A%84%E5%B3%B0%E6%A3%80%E6%B5%8B%EF%BC%88peak calling）任务。

核心功能

• 接收索引后的BAM文件作为输入，执行峰检测操作
• 输出包含峰信息的.bed文件
• 作为Bio-Rad ATAC-seq分析工具链的必需步骤，衔接上游对齐数据与下游QC及高级分析

使用场景

• 生物信息学研究中，对Bio-Rad ATAC-seq数据进行峰检测
• 整合到NGS自动化分析流程中，完成峰识别环节
• 上游输入：对齐到hg19、mm10或hg19-mm10参考基因组的索引BAM文件；下游输出：用于ATAC-seq质量控制及后续 tertiary 分析的峰数据

配置说明

容器设计为通过挂载本地文件系统目录来处理输入输出，需指定参考基因组、输入目录和输出目录参数。

典型使用示例

将本地目录/path/to/sample挂载到容器内/data/目录，执行峰检测：

bash
docker run \
    -v /path/to/sample/:/data/ \
    bioraddbg/atac-seq-macs2 \
    -i /data/deconvoluted_data/ \
    -o /data/peaks/ \
    -r reference_genome

其中reference_genome需替换为hg19、mm10或hg19-mm10。执行后结果将写入本地/path/to/sample/peaks目录。

高级使用示例（交互式模式）

覆盖容器入口点以交互式使用MACS2：

bash
docker run -it \
    -v /path/to/sample/:/data/ \
    --entrypoint "/bin/bash" \
    bioraddbg/atac-seq-macs2

进入容器后可手动执行MACS2命令。

帮助信息

查看容器帮助文档：

bash
docker run bioraddbg/atac-seq-macs2 --help

帮助输出：

console
usage: docker run -v /path/to/sample/:/data/ bioraddbg/atac-seq-macs2 -r reference_genome -i input_deconvolution_directory -o output_dir

    -r | --reference_genome        : Reference genome: hg19, mm10, or hg19-mm10
    -i | --input_deconvolution_directory        : Input directory containing a .bam file and index
    -o | --output_directory        : Output directory to write files
    -h | --help                    : This message