blaylockbk/miniconda3_osg

Miniconda Python 3.6.5 镜像（适用于Open Science Grid）

镜像概述

本镜像基于Miniconda Python 3.6.5构建，专为Open Science Grid（OSG）环境优化，集成了气象网格数据处理常用的Python模块及实用工具，支持用户在OSG平台上高效完成数据分析与计算任务。

核心功能

Python模块

• matplotlib：数据可视化
• numpy：数值计算
• scipy：科学计算
• pygrib：GRIB格式气象数据处理
• h5py：HDF5文件操作
• netcdf4：NetCDF文件操作

其他工具

• zip/unzip：压缩解压工具
• rclone：云存储同步工具
• vim：文本编辑器
• globus-cli：Globus数据传输工具
• wgrib2：GRIB2格式数据处理工具
• gcc/gfortran/make：编译工具

使用场景

• 气象网格数据（GRIB/NetCDF等格式）的读取、处理与分析
• OSG平台上的分布式计算任务提交
• 科学计算与数据可视化任务

配置说明

Docker镜像使用

拉取镜像：

bash
docker pull blaylockbk/miniconda3_osg

运行交互式容器：

bash
docker run -i -t blaylockbk/miniconda3_osg /bin/bash

OSG平台使用

该镜像已转换为Singularity容器，可在OSG上直接使用：

1. 交互式测试：

bash
singularity shell /cvmfs/singularity.opensciencegrid.org/blaylockbk/miniconda3_osg:latest/

警告：提交Condor任务前需退出Singularity容器。

2. Condor提交脚本配置：

requirements = HAS_SINGULARITY == True
+SingularityImage = "/cvmfs/singularity.opensciencegrid.org/blaylockbk/miniconda3_osg:latest"

3. 环境变量设置： 在交互式shell或任务脚本中添加Python路径：

bash
export PATH=/opt/conda/bin:$PATH

4. Matplotlib后端注意事项： 使用matplotlib时需指定Agg后端：

python
import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

镜像更新

如需更新镜像，可参考以下步骤：

1. 拉取最新基础镜像：

bash
docker pull continuumio/miniconda3

2. 运行并修改容器：

bash
ID=$(docker run -i -t -d continuumio/miniconda3 /bin/bash)
docker attach $ID
# 进行更新操作后退出

3. 提交修改并推送：

bash
docker commit $ID blaylockbk/miniconda3_osg
docker push blaylockbk/miniconda3_osg