brainlife/afni

afni-docker

镜像概述和主要用途

afni-docker是一个用于AFNI的Docker镜像，提供轻量级容器化环境，适用于结构MRI、功能MRI、弥散MRI及神经影像质量控制工作流。该镜像源自上游AFNI容器：

docker://afni/afni_make_build:AFNI_26.1.00

并在brainlife命名空间下重新发布，旨在为Brainlife工作流提供稳定、可重现的镜像，兼容Docker、Singularity/Apptainer及高性能计算环境。容器设计旨在使AFNI工具在运行时立即可用，同时保持与现代辅助脚本和命令行工具的兼容性。

维护者

Gabriele Amorosino (***)

核心功能和特性

• 基于上游AFNI容器构建，包含完整AFNI工具集
• 核心AFNI命令行工具在运行时直接可用
• 支持现代AFNI辅助脚本，包括对齐和质量控制工具
• 兼容Docker、Singularity/Apptainer及高性能计算执行环境
• 设计目标：可重现、可移植且适合高性能计算，确保在本地工作站、集群和云基础设施中提供一致的AFNI环境

使用场景和适用范围

适用于神经影像数据分析领域，包括但不限于：

• 结构MRI数据处理与分析
• 功能MRI数据处理与分析
• 弥散MRI数据处理与分析
• 神经影像质量控制工作流
• 适用于学术研究、临床前研究及神经科学相关领域的影像数据处理需求

使用方法和配置说明

Docker运行

bash
docker run --rm -it \
  docker.xuanyuan.run/brainlife/afni:26.1.00 \
  <你的命令>

示例：

bash
docker run --rm -it \
  docker.xuanyuan.run/brainlife/afni:26.1.00 \
  afni -help

Singularity / Apptainer运行

从本地Docker镜像构建

bash
singularity build afni.sif \
  docker-daemon://brainlife/afni:26.1.00

singularity exec \
  --bind $(pwd):/workspace \
  afni.sif \
  <你的命令>

直接从Docker Hub运行

bash
singularity exec \
  docker://brainlife/afni:26.1.00 \
  <你的命令>

示例：

bash
singularity exec \
  docker://brainlife/afni:26.1.00 \
  3dinfo -help

包含内容

• 从上游AFNI容器构建的AFNI完整安装
• 运行时可用的核心AFNI命令行工具
• 支持现代AFNI辅助脚本，包括对齐和质量控制工具
• 兼容Docker、Singularity/Apptainer及高性能计算环境

常用工具包括：

• afni
• 3dinfo
• 3dcalc
• 3dTstat
• align_epi_anat.py
• @djunct_edgy_align_check
• 1dplot

当前实现

当前镜像基于：

AFNI 26.1.00

上游源镜像：

bash
docker://afni/afni_make_build:AFNI_26.1.00

重新发布为：

bash
brainlife/afni:26.1.00

除为在Brainlife容器生态系统中稳定分发而重新发布外，未做任何功能修改。

参考文献

Cox RW (1996). AFNI: software for analysis and visualization of functional magnetic resonance neuroimages. Computerized Medical Imaging and Graphics 29(3):162-173. doi:10.1006/cbmr.1996.0014

PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/8812068/