ants-docker镜像文档

镜像概述

本镜像为ANTs 2.3.1的Docker实现，基于Conda环境构建，预集成HCP Pipelines和MNI152标准模板，旨在为神经影像处理提供开箱即用的运行环境，简化相关分析任务的部署流程。

核心功能与特性

• ANTs 2.3.1：安装于名为ants-2.3.1的Conda环境中，支持神经影像配准、分割等核心功能
• HCP Pipelines：人类连接组计划（HCP）分析流程仓库，路径为/opt/HCPpipelines
• MNI152模板：标准神经影像模板，解压至/atlas目录，便于影像标准化处理

使用场景

适用于神经影像数据处理、HCP相关分析任务、基于MNI152模板的影像配准与标准化等场景，可直接运行ANTs工具链及HCP分析流程。

使用方法

Docker运行

bash
docker run --rm -it \
  brainlife/ants-docker:2.3.1 \
  <your_command>  # 替换为实际执行的命令，如antsRegistration等

• --rm：容器退出后自动删除
• -it：交互式终端模式
• brainlife/ants-docker:2.3.1：镜像名称及标签

Singularity运行

从本地Docker镜像构建并运行

1. 构建Singularity镜像：

   bash
   singularity build ants-2.3.1.sif \
     docker-daemon://brainlife/ants-docker:2.3.1
   

2. 执行命令（绑定当前目录至/workspace）：

   bash
   singularity exec \
     --bind $(pwd):/workspace \  # 将当前目录绑定到容器内/workspace路径
     ants-2.3.1.sif \
     <your_command>  # 替换为实际执行的命令
   

直接从Docker Hub运行

bash
singularity exec \
  docker://brainlife/ants-docker:2.3.1 \
  <your_command>  # 替换为实际执行的命令

核心内容

• ANTs 2.3.1（Conda环境：ants-2.3.1）
• HCP Pipelines仓库路径：/opt/HCPpipelines
• MNI152模板路径：/atlas