breardon/calc_mutational_burden

镜像概述

breardon/calc_mutational_burden是一个轻量级Python脚本镜像，专注于计算编码区域的突变负荷，适用于生物信息学领域的基因组变异分析场景。

核心功能

• 处理MAF格式的单核苷酸变异（SNV）和插入缺失（indel）文件
• 读取体细胞碱基覆盖度文本文件
• 识别并统计符合NCI MAF规范的编码变异类型（包括错义突变、无义突变、剪接位点突变等）
• 计算样本的编码突变负荷值

使用场景

适用于癌症基因组学研究、肿瘤突变负荷分析等生物信息学应用，帮助研究人员快速获取样本的编码区域突变负荷数据，支持后续的疾病关联分析。

配置说明

运行脚本需提供以下关键参数：

• patient_id：样本的唯一标识ID
• snv_handle：单核苷酸变异的MAF文件路径
• indel_handle：插入缺失变异的MAF文件路径
• coverage_handle：体细胞碱基覆盖度的文本文件路径（仅含数值）

Docker部署示例

基本运行命令

将本地数据目录挂载到容器内，确保脚本可访问所需文件：

bash
docker run -v /本地数据目录:/workspace breardon/calc_mutational_burden python calc_mutburden.py \
  -patient_id HCC1143 \
  -snv /workspace/snvs.maf \
  -indel /workspace/indels.maf \
  -coverage /workspace/coverage.txt

说明：替换/本地数据目录为实际存储MAF文件和覆盖度文件的本地路径，容器内路径/workspace可根据需求调整。