brinkmanlab/psortb_commandline

PSORTb

镜像概述和主要用途

PSORTb是一款生物信息学工具，用于预测给定蛋白质序列的亚细胞定位。蛋白质序列必须属于特定类型的生物体（按细胞膜类型分类），以实现更准确的亚细胞定位预测。该Docker镜像封装了PSORTb v3版本，简化了工具的安装和使用流程，适用于需要快速进行蛋白质亚细胞定位分析的科研场景。

核心功能和特性

• 亚细胞定位预测：针对不同类型生物体的蛋白质序列进行亚细胞定位预测
• 多生物体支持：支持以下生物体类型：
  • 革兰氏阴性（-n）
  • 革兰氏阳性（-p）
  • 古菌（-a）
  • 无外膜的革兰氏阴性菌
  • 有外膜的革兰氏阳性菌
• 容器化部署：通过Docker容器封装，简化复杂环境配置，确保跨平台一致性

使用场景和适用范围

• 生物信息学研究中蛋白质亚细胞定位分析
• 微生物蛋白质功能注释
• 需要在集群或多环境中快速部署PSORTb的科研场景
• 无sudo权限环境可通过Apptainer/Singularity使用

使用方法和配置说明

Docker工作流

安装Docker镜像

警告：使用此PSORTb应用程序的用户必须具有sudo权限才能运行docker命令，或由管理员授予"docker run"命令的访问权限。如果在运行PSORTb的集群上没有sudo权限，建议使用Apptainer工作流（详见下文）。

镜像大小约为2.55GB。

bash
sudo docker pull brinkmanlab/psortb_commandline:1.0.2

安装完成后，可下载以下脚本简化PSORTb分析的运行：

bash
wget https://raw.githubusercontent.com/brinkmanlab/psortb_commandline_docker/master/psortb
chmod +x psortb

运行PSORTb分析

安装Docker镜像后，可按以下方式运行PSORTb分析：

bash
# 查看帮助
./psortb -h

# 运行分析
./psortb -i <FASTA格式序列文件> -r <本地结果目录> [--positive|--negative|--archaea]

GitHub仓库

如需调整Docker配置，可在GitHub获取构建此镜像的Dockerfile：
https://github.com/brinkmanlab/psortb_commandline_docker

该仓库包含构建PSORTb复杂环境的Dockerfile，以及用于在Docker容器内运行PSORTb分析的包装脚本（psortb，即"docker run"命令的封装）。

Apptainer工作流

由于Docker在集群环境中通常不可用，提供Apptainer替代方案以获得相同结果。Apptainer可在无sudo权限下运行，但初始构建需要sudo权限。可在具有root权限的VM/系统上创建Apptainer镜像文件（sif文件），然后复制到目标系统使用。

Apptainer要求

• 环境中需安装Apptainer 1.1.3或更高版本（许多学术集群可通过module命令启用）
• 需要以root用户构建Apptainer镜像文件（sif文件），可在其他VM上创建后复制到目标系统

构建sif文件：

bash
sudo apptainer build psortb.sif docker://docker.io/brinkmanlab/psortb_commandline:1.0.2

注意：sif文件可自定义命名，默认名称为psortb.sif。如使用其他名称，运行psortb_app包装脚本时需使用--sif-file <myfile.sif>选项。

psortb_app包装脚本（使用Apptainer）

psortb_app包装脚本可与Apptainer容器交互，只需一条命令即可提交分析。脚本提供多种默认配置，可通过选项修改。

下载脚本：

bash
wget https://raw.githubusercontent.com/brinkmanlab/psortb_commandline_docker/master/psortb_app

设置可执行权限：

bash
chmod +x psortb_app

查看选项：

bash
./psortb_app --help

最少需指定以下选项：
./psortb_app -i <fasta序列文件> -r <结果存放目录> -n|-p|-a

示例（革兰氏阴性菌分析）：

bash
./psortb_app -i myseq.txt -r results/ -n

必须指定-n、-p或-a选项，分别表示革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌或古菌。每个PSORTb分析的输入序列文件应仅包含一种类型的细菌或古菌，以确保结果准确性。

版本历史

• 2017年6月：Tag 1.0.0 - 首个PSORTb命令行Docker镜像发布
• 2017年11月：Tag 1.0.1 - 在亚细胞定位blast数据集中新增32个序列（详见PSORTdb论文）
• 2018年6月：Tag 1.0.2 - 修复Bioperl相关变更导致的bug，确保小写输入序列与大写输入序列产生相同结果

许可证

PSORTb基于https://github.com/brinkmanlab/psortm-docker/blob/master/LICENSE%E5%88%86%E5%8F%91%E3%80%82

支持

如有问题，请发送邮件至***
本应用由加拿大不列颠哥伦比亚省大温哥华地区西蒙弗雷泽大学Brinkman实验室的Gemma Hoad开发。