brinkmanlab/psortm_commandline

PSORTm

镜像概述和主要用途

PSORTm是一款生物信息学工具，用于预测给定蛋白质序列集的亚细胞定位。该程序设计用于分析包含古菌和细菌（混合或未知革兰氏染色）的宏基因组序列集。它基于PSORTb 3版本进行了修改，能够将输入的FASTA格式序列集初步分为不同革兰氏染色的细菌、古菌以及无法确定生物体类型的序列，从而为每组序列提供更准确的定位预测。

核心功能和特性

• 亚细胞定位预测：针对蛋白质序列提供亚细胞定位预测
• 序列分类：自动将序列按生物体类型（不同革兰氏染色细菌、古菌等）分类
• 宏基因组支持：特别优化用于混合或未知革兰氏染色的古菌和细菌序列分析
• 分类学辅助：支持通过CSV格式的分类学分类文件（可由Megan 6等工具生成）辅助序列分类

使用场景和适用范围

适用于需要对宏基因组蛋白质序列进行亚细胞定位分析的科研人员，尤其是处理包含多种微生物（古菌、不同革兰氏染色细菌）的复杂序列数据集时。

安装方法

警告：使用此psortm应用程序的用户必须具有运行docker命令的管理员权限，或由管理员授予运行"docker run"命令的权限。

该镜像占用4GB空间，安装命令如下：

bash
sudo docker pull brinkmanlab/psortm_commandline:1.0.2

安装Docker镜像后，可通过以下脚本简化PSORTm分析的运行：

bash
wget https://raw.githubusercontent.com/brinkmanlab/psortm_commandline_docker/master/psortm
chmod +x psortm

使用方法和配置说明

基本命令格式

bash
./psortm -h  # 查看帮助
./psortm -i [FASTA格式序列文件] -t [逗号分隔的分类学分类文件] -r [本地结果目录] [选项]

参数说明

• -i：指定FASTA格式的序列文件（必需）
• -t：指定逗号分隔的分类学分类文件（必需，包含所有序列的分类学信息）
• -r：指定本地结果目录（必需）

分类学分类文件要求

分类学分类文件必须为CSV格式，格式为(reas, name或read, taxonomy-id)，可由Megan 6等程序生成。

示例输入数据

以下示例PSORTm输入文件可供下载，包含序列文件和MEGAN生成的分类学文件：

• Windows ZIP文件 (242KB)
• Unix tar.gz文件 (62KB)

版本历史

• 2017年5月：标签1.0.0 - 首个PSORTm Docker镜像发布
• 2017年11月：标签1.0.1 - 在亚细胞定位blast数据集中增加了32个序列（详见PSORTdb论文）
• 2018年6月：标签1.0.2 - 修复了Bioperl变更导致的问题，确保小写输入序列与大写输入序列产生相同结果

许可证

PSORTm根据https://github.com/brinkmanlab/psortm-docker/blob/master/LICENSE%E5%88%86%E5%8F%91%E3%80%82

支持

如有任何问题，请发送邮件至***。

此应用程序由加拿大不列颠哥伦比亚省大温哥华地区西蒙弗雷泽大学Brinkman实验室的Gemma Hoad开发。