bromberglab/fastp

bromberglab/fastp 镜像说明

镜像概述

bromberglab/fastp是一款针对高通量测序数据设计的超快速一站式FASTQ预处理工具，集成了质量控制、适配器去除、序列修剪等多种功能，帮助科研人员高效完成测序数据的清洗与标准化。

核心功能

• 质量控制：生成可视化的测序质量报告，包括碱基质量分布、GC含量、序列长度分布等
• 适配器修剪：自动识别并去除Illumina等平台的测序适配器序列
• 序列过滤：筛选去除低质量、过短（默认≥15bp）或含N碱基过多的序列
• 拆分与合并：支持按样本ID拆分数据或合并多个FASTQ文件
• 碱基校正：对测序错误碱基进行校正（可选功能）

使用场景

• 科研实验室的RNA-seq、DNA-seq数据预处理
• 测序服务机构的批量数据质量控制
• 生物信息学分析流程中的数据清洗环节

配置说明

常用命令行参数：

• -i：输入单端FASTQ文件或双端正向文件
• -I：双端反向FASTQ文件
• -o：输出处理后的正向文件
• -O：输出处理后的反向文件
• -q：最低碱基质量阈值（默认20）
• -l：最小保留序列长度（默认15）
• --adapter_sequence：自定义适配器序列（如未指定则自动识别）

部署示例

单端数据处理

bash
docker run --rm -v $(pwd)/data:/data bromberglab/fastp -i /data/raw.fastq -o /data/cleaned.fastq

双端数据处理

bash
docker run --rm -v $(pwd)/data:/data bromberglab/fastp \
  -i /data/forward.raw.fastq \
  -I /data/reverse.raw.fastq \
  -o /data/forward.cleaned.fastq \
  -O /data/reverse.cleaned.fastq

Docker Compose批量处理

创建docker-compose.yml：

yaml
version: "3.8"
services:
  fastp_process:
    image: bromberglab/fastp
    volumes:
      - ./input:/input
      - ./output:/output
    command: ["-i", "/input/sample1.fastq", "-o", "/output/sample1.cleaned.fastq"]

执行命令：

bash
docker-compose up --build