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BBTools生物信息学工具套件 - JGI官方Docker容器

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BBTools Docker镜像文档

镜像概述

JGI官方BBTools Docker容器，定期更新以适配每个BBTools版本。BBTools是一套基于JAVA开发的免费生物信息学工具集，提供序列处理、分析及数据管理等核心功能，适用于高通量测序数据分析场景。

核心功能与特性

BBTools包含以下主要工具及功能：

序列组装：通过tadpole.sh工具实现
序列比对：提供bbmap.sh和seal.sh工具
数据库识别：支持与nt、refseq数据库比对的sendsketch.sh
FastQ过滤：通过bbduk.sh工具处理
格式转换：支持FastQ、SAM、Fasta格式转换的reformat.sh
数据统计：提供FastQ/Fasta文件统计功能的stats.sh
基因与变异检测：包含callgenes.sh（基因调用）和callvariants.sh（变异调用）工具

使用场景与适用范围

适用于生物信息学领域的高通量测序数据分析任务，包括但不限于：

基因组/转录组序列组装
测序数据比对与映射
原始测序数据质量控制与过滤
多格式序列数据转换与标准化
测序数据质量统计与评估
基因结构预测与变异位点检测

使用方法与配置说明

获取镜像

可通过Docker Hub拉取官方镜像（具体镜像名称以JGI官方发布为准）：

docker pull jgi/bbtools:latest

基本使用示例

运行容器并调用工具（以查看工具帮助信息为例）：

docker run -it --rm jgi/bbtools bbmap.sh --help

数据挂载与处理

如需处理本地数据，可通过-v参数挂载宿主机目录：

docker run -it --rm -v /path/to/local/data:/data jgi/bbtools bbduk.sh in=/data/input.fastq out=/data/filtered.fastq

常见问题

轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？

免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。

轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？

免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。

流量耗尽错误提示

当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。

410 错误问题

通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。

manifest unknown 错误

先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。

镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？

使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。

查看全部问题→

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