bryce911/bbtools Docker 镜像 - 轩辕镜像

BBTools Docker镜像文档

镜像概述

JGI官方BBTools Docker容器，定期更新以适配每个BBTools版本。BBTools是一套基于JAVA开发的免费生物信息学工具集，提供序列处理、分析及数据管理等核心功能，适用于高通量测序数据分析场景。

核心功能与特性

BBTools包含以下主要工具及功能：

• 序列组装：通过tadpole.sh工具实现
• 序列比对：提供bbmap.sh和seal.sh工具
• 数据库识别：支持与nt、refseq数据库比对的sendsketch.sh
• FastQ过滤：通过bbduk.sh工具处理
• 格式转换：支持FastQ、SAM、Fasta格式转换的reformat.sh
• 数据统计：提供FastQ/Fasta文件统计功能的stats.sh
• 基因与变异检测：包含callgenes.sh（基因调用）和callvariants.sh（变异调用）工具

使用场景与适用范围

适用于生物信息学领域的高通量测序数据分析任务，包括但不限于：

• 基因组/转录组序列组装
• 测序数据比对与映射
• 原始测序数据质量控制与过滤
• 多格式序列数据转换与标准化
• 测序数据质量统计与评估
• 基因结构预测与变异位点检测

使用方法与配置说明

获取镜像

可通过Docker Hub拉取官方镜像（具体镜像名称以JGI官方发布为准）：

bash
docker pull jgi/bbtools:latest

基本使用示例

运行容器并调用工具（以查看工具帮助信息为例）：

bash
docker run -it --rm jgi/bbtools bbmap.sh --help

数据挂载与处理

如需处理本地数据，可通过-v参数挂载宿主机目录：

bash
docker run -it --rm -v /path/to/local/data:/data jgi/bbtools bbduk.sh in=/data/input.fastq out=/data/filtered.fastq

更多信息

关于BBTools各工具的详细使用方法及参数说明，可参考官方文档：
[***]