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bschiffthaler/bcftools

bschiffthaler

用于基因组学和转录组学的小型Docker镜像集合，每个镜像仅包含单个应用程序，文件体积小，便于在研究计算系统上高效使用和实现可重复研究。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：bschiffthaler仓库类型：镜像最近更新：4 年前

让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明

如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。

只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：

请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：

https://xuanyuan.cloud/agents.md

在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。

查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。若 AI 无法访问外链，可打开说明文档复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

镜像标签列表与下载命令

小型生物信息学容器

这些容器是用于基因组学/转录组学的小型（文件大小）镜像。每个子模块提供一个应用程序。

如果您在研究中发现此项目有用，请引用DOI： ![DOI]([***]

可用镜像

目前我们提供以下类别的构建：

比对（Alignment）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/bowtie
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/bwa
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/diamond
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/minimap2
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/ncbi-blast
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/star

注释（Annotation）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/sorffinder

组装（Assembly）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/flye
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/spades
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/wtdbg2
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/stringtie

组装评估（Assembly Evaluation）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/gffcompare
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/transrate

数据检索（Data Retrieval）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/basemount

K-mer计数（K-mer counting）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/jellyfish

Linux管道工具（Linux Pipeliners）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/awk
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/curl
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/sed

多序列比对（Multiple Alignment）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/clustalw

群体基因组学（Population genomics）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/stacks

伪比对/定量（Pseudo-alignment/quantification）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/kallisto
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/salmon

质量控制/读取预处理（QC/Read preprocessing）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/cutadapt
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/fastqc
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/multiqc
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/sortmerna
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/trim-galore
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/trimmomatic
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/kraken2

工具集（Toolboxes）

https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/bbtools
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/bcftools
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/bedtools
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/genometools
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/gffread
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/samtools
https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/htslib

项目动机

Docker是生物信息学领域的优秀工具，因为我们经常看到接触Linux有限的用户尝试使用安装复杂的软件。考虑到可重复研究，Docker还提供了一种分发软件精确版本的极佳方式，作为材料和方法的补充。目前，这一优势因多GB大小的镜像而受到严重阻碍，这些镜像为了执行单个二进制文件而提供复杂的库堆栈。此外，用户可能需要保留多个工具版本以确保兼容性，但即使使用Docker的智能存储驱动，这些库也会迅速增长到数百GB。

本项目旨在构建尽可能小的镜像，使Docker能在研究计算系统（无论大小）上更有效地使用，并支持更好的可重复研究，使容器可以作为材料和方法的补充。

使用方法

这些容器的典型运行方式如下：

bash
docker run \
  --user=${UID}:${GID} \
  -v $(pwd):$(pwd) -w $(pwd) --rm \
  bschiffthaler/bwa ... # 传递给bwa的进一步参数

或者，/scripts目录中有简单的bash脚本，这些脚本包装Docker镜像，允许用户像调用本地CLI应用程序一样调用它们。例如：

bash
<kogia_root>/scripts/samtools index GRCh38.fa

某些容器可能运行方式不同，请参见子目录中的README文件。

贡献

非常欢迎提交拉取请求。贡献的Dockerfile需要基于Alpine（极少数例外情况），并应遵循两阶段镜像构建流程（参见bwa镜像作为示例）。

感谢所有已贡献的人员：@nicolasDelhomme @krbe9202

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 bcftools 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/bschiffthaler/bcftools:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull bschiffthaler/bcftools:<标签>

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