bschiffthaler/bcftools

小型生物信息学容器

这些容器是用于基因组学/转录组学的小型（文件大小）镜像。每个子模块提供一个应用程序。

如果您在研究中发现此项目有用，请引用DOI：

可用镜像

目前我们提供以下类别的构建：

比对（Alignment）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/bowtie
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/bwa
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/diamond
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/minimap2
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/ncbi-blast
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/star

注释（Annotation）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/sorffinder

组装（Assembly）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/flye
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/spades
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/wtdbg2
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/stringtie

组装评估（Assembly Evaluation）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/gffcompare
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/transrate

数据检索（Data Retrieval）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/basemount

K-mer计数（K-mer counting）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/jellyfish

Linux管道工具（Linux Pipeliners）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/awk
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/curl
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/sed

多序列比对（Multiple Alignment）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/clustalw

群体基因组学（Population genomics）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/stacks

伪比对/定量（Pseudo-alignment/quantification）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/kallisto
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/salmon

质量控制/读取预处理（QC/Read preprocessing）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/cutadapt
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/fastqc
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/multiqc
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/sortmerna
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/trim-galore
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/trimmomatic
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/kraken2

工具集（Toolboxes）

• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/bbtools
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/bcftools
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/bedtools
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/genometools
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/gffread
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/samtools
• https://hub.docker.com/repository/docker/bschiffthaler/htslib

项目动机

Docker是生物信息学领域的优秀工具，因为我们经常看到接触Linux有限的用户尝试使用安装复杂的软件。考虑到可重复研究，Docker还提供了一种分发软件精确版本的极佳方式，作为材料和方法的补充。目前，这一优势因多GB大小的镜像而受到严重阻碍，这些镜像为了执行单个二进制文件而提供复杂的库堆栈。此外，用户可能需要保留多个工具版本以确保兼容性，但即使使用Docker的智能存储驱动，这些库也会迅速增长到数百GB。

本项目旨在构建尽可能小的镜像，使Docker能在研究计算系统（无论大小）上更有效地使用，并支持更好的可重复研究，使容器可以作为材料和方法的补充。

使用方法

这些容器的典型运行方式如下：

bash
docker run \
  --user=${UID}:${GID} \
  -v $(pwd):$(pwd) -w $(pwd) --rm \
  docker.xuanyuan.run/bschiffthaler/bwa ... # 传递给bwa的进一步参数

或者，/scripts目录中有简单的bash脚本，这些脚本包装Docker镜像，允许用户像调用本地CLI应用程序一样调用它们。例如：

bash
<kogia_root>/scripts/samtools index GRCh38.fa

某些容器可能运行方式不同，请参见子目录中的README文件。

贡献

非常欢迎提交拉取请求。贡献的Dockerfile需要基于Alpine（极少数例外情况），并应遵循两阶段镜像构建流程（参见bwa镜像作为示例）。

感谢所有已贡献的人员：@nicolasDelhomme @krbe9202