camicroscope/quip_loader

Loader Container https://travis-ci.org/camicroscope/LoaderDockerContainer.svg?branch=master](https://travis-ci.org/camicroscope/LoaderDockerContainer)

镜像概述

本镜像集成imageLoader和uAIMDataLoader工具，旨在为caMicroscope系统提供图像及标记数据的加载能力，支持数据导入、校验与查询等核心操作。

核心功能

• 导入医学图像（如SVS格式）至caMicroscope系统
• 加载标记数据到caMicroscope
• 提供数据导入接口（submitData）
• 支持主题ID存在性查询（subjectIdExists）
• 生成图像文件MD5校验值（getMD5ForImage）

使用场景

适用于医学图像分析领域，帮助用户将医学图像及相关标记数据导入caMicroscope系统，为后续的图像查看、分析与研究提供数据基础。

配置说明

构建镜像

bash
docker build -t camicroscope_loader .

运行容器

1. 准备工作目录与环境变量：

bash
mkdir img
export CAMIC_IMAGES_DIR=$(pwd)/img
export CAMIC_KUE_PORT=6000
export CAMIC_MARKUPLOADER_PORT=6001
export CAMIC_DATALOADER_PORT=6002
export dataloader_host=127.0.0.1 # 数据容器IP地址
export annotations_host=127.0.0.1 # 数据容器IP地址
export mongo_host=127.0.0.1 # MongoDB容器IP地址
export mongo_port=27017

2. 启动容器：

bash
docker run -itd -p $CAMIC_KUE_PORT:3000 -p $CAMIC_MARKUPLOADER_PORT:3001 -p $CAMIC_DATALOADER_PORT:3002 -v $CAMIC_IMAGES_DIR:/data/images -e "dataloader_host=$dataloader_host" -e "annotations_host=$annotations_host" -e "mongo_host=$mongo_host" -e "mongo_port=$mongo_port" camicroscope_loader

Dataloader API示例

假设API端口为32799：

POST /submitData

上传图像数据至系统：

bash
curl -v -F id=TCGA-02-0001 -F upload=@TCGA-02-0001-01Z-00-DX1.83fce43e-42ac-4dcd-b156-2908e75f2e47.svs http://localhost:32799/submitData

成功返回：{"status":"success"}

GET /subjectIdExists

查询主题ID是否存在：

bash
curl localhost:32799/subjectIdExists?SubjectUID=TCGA-02-0001

返回主题ID及文件路径数组，不存在则返回空数组。

GET /getMD5ForImage

获取图像文件MD5值：

bash
curl localhost:32799/getMD5ForImage?imageFileName=TCGA-02-0001-01Z-00-DX1.83fce43e-42ac-4dcd-b156-2908e75f2e47.svs

返回示例：[{"md5sum":"418a0724b0a2113bcd2956bacae105b7"}]