cathrine98/bbmap

cathrine98/bbmap镜像说明

镜像概述

本镜像整合了BBMap（生物信息学序列处理工具集）和SRAToolkit（NCBI序列数据获取工具），并预配置了在Open Science Grid（OSG）环境运行所需的目录结构，为科研人员提供标准化的生物信息学分析环境，简化分布式计算场景下的工具部署流程。

核心功能

1. BBMap工具集：支持DNA/RNA序列比对、质量控制（QC）、格式转换、去重等基础生物信息学操作；
2. SRAToolkit：提供从NCBI SRA数据库下载、转换序列数据的能力；
3. OSG适配：内置OSG运行所需的目录结构，可直接用于分布式计算平台的任务提交。

使用场景

1. 科研人员在OSG平台开展大规模序列比对分析；
2. 生物信息学实验中快速获取SRA数据库数据并进行后续处理；
3. 教学或培训场景下，提供标准化的工具环境。

配置说明

镜像已预配置必要的目录结构，无需额外修改即可在OSG环境使用。本地测试时，可通过挂载数据卷访问输入/输出文件：

部署示例

本地运行BBMap比对

bash
docker run -v /本地数据路径:/data cathrine98/bbmap bbmap.sh ref=/data/reference.fasta in=/data/input.fastq out=/data/output.sam

下载SRA数据

bash
docker run -v /本地数据路径:/data cathrine98/bbmap fastq-dump --split-files SRR1234567 -O /data

OSG任务提交（示例脚本片段）

bash
# OSG job script
executable = docker_run.sh
arguments = cathrine98/bbmap bbmap.sh ref=ref.fasta in=input.fastq out=output.sam
transfer_input_files = ref.fasta,input.fastq
transfer_output_files = output.sam