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docker-genomic-analysis 镜像文档

镜像概述

docker-genomic-analysis是一个用于临时基因组分析的基础Docker镜像，基于Ubuntu系统构建，集成了多种常用工具，方便用户快速探索基因组数据和进行临时分析工作。

核心功能与特性

Python环境

• 同时安装Python 2和Python 3（通过conda管理）
  • Python 3.6：使用python3命令（若设置LSF_DOCKER_PRESERVE_ENVIRONMENT=false，直接使用python命令即可）
  • Python 2.7：需先执行source activate python2激活环境，然后使用python命令

R环境

• 安装R 3.4及部分基础包
• 支持用户自定义R库路径，确保库安装在指定目录以实现跨会话持久化

使用场景

• 基因组数据的快速探索与分析
• 临时数据分析任务的原型开发
• 需要快速部署多种工具的基因组学研究场景

使用方法与配置说明

Python版本切换

使用Python 3.6

bash
# 直接使用python3命令
python3 --version

使用Python 2.7

bash
# 激活Python 2环境
source activate python2
# 验证版本
python --version

R库路径配置

为确保R库在不同会话间持久化，建议在.Rprofile中添加以下配置：

r
devlib <- paste('/gscuser/cmiller/usr/lib/R', paste(R.version$major, R.version$minor, sep="."), sep="")
if (!file.exists(devlib))
dir.create(devlib)
x <- .libPaths()
.libPaths(c(devlib, x))
rm(x, devlib)

注意事项

• 本镜像适用于快速原型开发，若需与他人共享代码，应创建包含所有依赖库的新容器，以确保环境一致性。
• 使用LSF_DOCKER_PRESERVE_ENVIRONMENT环境变量时，注意Python命令的调用方式差异。