chrishah/ncbi-blast
chrishah
基于Ubuntu 18.04的Docker镜像，包含完整的ncbi-blast+套件及其所有必要依赖，可直接用于生物信息学中的序列比对分析。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：chrishah仓库类型：镜像最近更新：4 年前
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ncbi-blast-docker
镜像概述和主要用途
该Docker镜像基于Ubuntu 18.04系统构建，包含[***]的完整安装及所有必要依赖项。制作者非ncbi-blast+开发团队成员，仅提供镜像构建服务。
核心功能和特性
- 基础系统：Ubuntu 18.04
- 软件版本：ncbi-blast+ 2.6.0
- 包含所有必要依赖组件
- 支持直接运行ncbi-blast套件中的各类程序
- 所有可执行文件已添加至系统PATH，可直接调用
- 支持挂载本地目录实现文件共享
使用场景和适用范围
适用于生物信息学领域的序列比对分析场景，包括但不限于：
- 核苷酸序列比对（blastn）
- 蛋白质序列比对（blastp）
- BLAST数据库更新（update_blastdb）
- 其他ncbi-blast+支持的序列分析任务
- 适合需要快速部署BLAST工具的科研人员和开发人员
使用方法和配置说明
直接运行BLAST程序
通过挂载本地目录到容器，可直接执行ncbi-blast套件中的程序。以下命令将当前工作目录挂载到容器的/home/in目录，并设置工作目录为/in：
bash# 运行blastn程序 docker run --rm -v $(pwd):/home/in -w /in docker.xuanyuan.run/chrishah/ncbi-blast:v2.6.0 blastn # 更新BLAST数据库 docker run --rm -v $(pwd):/home/in -w /in docker.xuanyuan.run/chrishah/ncbi-blast:v2.6.0 update_blastdb
进入容器环境工作
如需在容器内进行多步骤操作，可通过交互式终端模式进入容器：
bashdocker run -it --rm -v $(pwd):/in -w /in docker.xuanyuan.run/chrishah/ncbi-blast:v2.6.0 /bin/bash
进入容器后，所有ncbi-blast+可执行文件（如blastn、blastp、makeblastdb等）均已在PATH中，可直接调用。
参数说明
--rm：容器退出后自动删除-v $(pwd):/home/in：将本地当前目录挂载到容器的/home/in目录-w /in：设置容器内工作目录为/in-it：以交互式终端模式运行容器chrishah/ncbi-blast:v2.6.0：镜像名称及版本标签
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 ncbi-blast 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/chrishah/ncbi-blast:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull chrishah/ncbi-blast:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"