chunglabmit/shield-2018

Shield-2018 镜像

镜像概述

本镜像封装了Chung Lab 2018年Shield论文中使用的全套科研软件，以Docker容器形式提供，旨在让实验室无需复杂IT支持即可轻松、准确地部署工具。Dockerfile也可作为构建各组件的参考指南。

核心功能

该镜像支持以下科研任务：

• SPIM图像处理：通过PyStripe去条纹、Terastitcher拼接对齐，并用TSV写入处理后的数据；
• 脑图谱对齐：借助Nuggt工具实现与Allen脑图谱的精准对齐；
• 细胞分割：提供shield-2018-segmentation命令检测潜在细胞中心，结果需通过Nuggt校对；
• 结果分配：使用count-points-in-region命令将检测结果映射到脑图谱区域。

使用场景

适用于需要处理SPIM显微镜图像、进行脑图谱对齐及细胞检测的科研实验室，可简化数据分析流程的部署与执行。

配置说明

安装方法

通过Docker拉取镜像：

bash
docker pull chunglabmit/shield-2018

典型运行示例

bash
docker run -v /本地图像路径:/stack \
           -v /输出路径:/output \
           chunglabmit/shield-2018 \
           shield-2018-segmentation \
           --input /stack/img_*.tiff \
           --output /output/result.json

也可直接运行Terastitcher和Nuggt命令，详情参考https://github.com/LeeKamentsky/nuggt#docker%E3%80%82

shield-2018-segmentation命令参数

该命令用于检测图像栈中的细胞中心，输出包含Z/Y/X坐标的JSON文件。格式如下：

bash
shield-2018-segmentation \
    --input <输入图像表达式> \
    --output <输出文件名> \
    [--block-size-x <X块大小>] \
    [--block-size-y <Y块大小>] \
    [--block-size-z <Z块大小>] \
    [--crop-x <X裁剪范围>] \
    [--crop-y <Y裁剪范围>] \
    [--crop-z <Z裁剪范围>] \
    [--padding <边界填充>] \
    [--io-threads <IO线程数>] \
    [--processing-threads <处理线程数>] \
    [--t1min <T1最小值>] \
    [--t1max <T1最大值>] \
    [--t2min <T2最小值>] \
    [--t2max <T2最大值>] \
    [--dog-low <低高斯sigma>] \
    [--dog-high <高高斯sigma>] \
    [--log-level <日志级别>] \
    [--log-file <日志文件>] \
    [--log-format <日志格式>]

关键参数说明：

• input: 输入图像的glob表达式（如/path/img_*.tif）；
• block-size: 分块处理的尺寸，适配内存有限的机器；
• crop: 裁剪图像范围（如--crop-x 1000,3000）；
• dog-low/dog-high: 高斯差分的sigma值，默认3（细胞尺度）和10（背景尺度）。

Allen脑图谱资源

镜像内置2018版Allen小鼠脑图谱文件，路径为/allen-brain-mouse-atlas，可直接用于Nuggt对齐命令。更多资源见https://github.com/chunglabmit/shield-2018-assets%E3%80%82