colomoto/colomoto-docker

CoLoMoTo Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

CoLoMoTo Docker镜像提供了一个集成的计算环境，用于定性生物网络的可访问和可重复计算分析。该镜像包含Jupyter Notebook界面及多种生物网络分析工具，支持跨平台使用（GNU/Linux、macOS、Windows），旨在简化定性生物网络研究中的环境配置，确保分析结果的可重复性。

核心功能和特性

• 可访问性：通过Docker容器化技术和Python辅助脚本，简化环境部署流程，无需手动配置依赖
• 可重复性：采用时间戳标签（YYYY-MM-DD格式），确保不同时间点的分析环境一致，支持研究结果复现
• 丰富工具集：集成多种定性生物网络分析软件（详见https://colomoto.github.io/colomoto-docker/#available-software-tools-with-python-api%EF%BC%89
• Jupyter界面：内置Jupyter Notebook，提供交互式分析环境
• 文件管理：支持本地目录绑定，实现容器与主机文件双向访问，确保数据持久化

使用场景和适用范围

• 定性生物网络（如布尔网络、Petri网等）的计算分析研究
• 生物学领域中需要可重复验证的网络模型分析任务
• 教学场景下的生物网络分析实践与教程演示
• 跨平台协作时的统一计算环境配置

详细使用方法和配置说明

前提条件

• 安装Docker
• （脚本方式）安装Python

方法一：使用colomoto-docker脚本（推荐）

安装/升级脚本

通过pip安装或升级辅助脚本（根据系统配置可能需要使用pip3替代pip）：

bash
pip install -U colomoto-docker

启动容器

在终端中执行以下命令启动Jupyter Notebook（使用Docker Toolbox时需在Docker Terminal中运行）：

bash
colomoto-docker

• 停止容器：按Ctrl+C
• 默认使用最近获取的镜像；首次运行时自动拉取最新版本

指定镜像版本

使用-V选项指定特定版本（标签列表见https://github.com/colomoto/colomoto-docker/releases%EF%BC%89%EF%BC%9A

bash
colomoto-docker                 # 使用最近获取的镜像
colomoto-docker -V latest       # 拉取最新发布镜像
colomoto-docker -V 2018-05-29   # 拉取特定版本镜像

文件持久化与目录绑定

警告：默认情况下，容器内文件（除persistent目录外）在容器停止后会被删除。

• 绑定当前目录到容器：

  bash
  colomoto-docker --bind .
  

• 绑定本地目录并获取教程笔记本：

  bash
  mkdir notebooks
  colomoto-docker -v notebooks:local-notebooks
  

  在Jupyter界面中，local-notebooks目录将映射到本地notebooks目录。

查看所有选项

bash
colomoto-docker --help

方法二：手动调用

拉取镜像

指定标签拉取镜像（标签列表见https://github.com/colomoto/colomoto-docker/releases%EF%BC%89%EF%BC%9A

bash
docker pull colomoto/colomoto-docker:TAG

运行容器

bash
docker run -it --rm -p 8888:8888 colomoto/colomoto-docker:TAG

访问Jupyter界面

• 打开浏览器访问：http://localhost:8888
• 使用Docker Toolbox时：将localhost替换为docker-machine ip default命令的输出结果

嵌入式软件

完整软件列表见https://colomoto.github.io/colomoto-docker/#available-software-tools-with-python-api%E3%80%82

标签策略与可重复性说明

• 镜像标签采用YYYY-MM-DD格式，每次工具更新或升级后生成新标签
• 为保证笔记本的可重复执行，建议使用上述时间戳标签，而非非持久的next标签

贡献

详见https://github.com/colomoto/colomoto-docker/blob/master/CONTRIBUTING.md%E3%80%82