combiz/singlecell-docker

combiz/singlecell-docker 镜像描述

镜像概述

combiz/singlecell-docker是专为单细胞数据分析打造的Docker镜像，集成了CRAN官方库、Bioconductor生物信息学工具及GitHub开源项目的核心R包，无需手动配置依赖，可直接用于单细胞测序数据的全流程分析。

核心功能

1. 数据预处理：支持数据清洗、标准化、批次校正（依赖scater、batchelor等包）
2. 降维与聚类：提供PCA、t-SNE、UMAP降维及Leiden/Louvain聚类算法（依赖seurat、monocle3等包）
3. 差异表达分析：通过DESeq2、edgeR等工具检测基因差异表达
4. 可视化：生成散点图、热图、小提琴图等（依赖ggplot2、plotly、pheatmap等包）
5. 功能富集：利用enrichR实现基因功能注释与富集分析

使用场景

• 生物信息学研究人员处理单细胞测序数据
• 学术实验室开展单细胞相关课题的数据分析
• 教学场景中演示单细胞分析方法

配置说明

镜像基于R环境构建，所有依赖包已预先安装。用户可通过挂载本地目录实现数据的读写交互。

部署示例

交互式R环境

bash
docker run -it --rm -v $(pwd)/data:/workspace docker.xuanyuan.run/combiz/singlecell-docker R

将本地data目录挂载到容器/workspace，启动交互式R会话。

批量执行脚本

bash
docker run --rm -v $(pwd)/data:/workspace docker.xuanyuan.run/combiz/singlecell-docker Rscript /workspace/analysis_script.R

执行本地data目录下的单细胞分析脚本。