cropsinsilico/girder

镜像概述

本镜像基于Girder 2.3，集成了Crops in Silico（作物虚拟模型）框架的相关插件，通过添加服务器端REST API端点，实现与作物虚拟模型的交互，是构建作物模型数据管理与执行平台的核心组件。

核心功能

• 扩展Girder 2.3的API能力，支持与Crops in Silico框架的交互
• 提供插件启用/重启功能（不影响存储数据）
• 支持Docker与非Docker环境的部署及开发模式

使用场景

• 科研人员用于作物虚拟模型的构建、执行与数据管理
• 开发基于Girder的作物模型相关应用平台
• 学习Girder插件开发与作物模型框架集成

配置说明

非Docker环境使用

1. 将插件仓库克隆到Girder的/girder/plugins目录
2. 重启Girder服务器，登录管理员账号后在插件页面启用该插件

Docker环境使用

构建包含插件的镜像

bash
export GIRDER_PLUGIN_NAME="cis-girder-plugin"
docker build --build-args PLUGIN_NAME="${GIRDER_PLUGIN_NAME}" -t girder/girder:2.3.0-${GIRDER_PLUGIN_NAME} .

运行镜像（依赖MongoDB）

bash
# 启动MongoDB容器
docker run -itd -p 27017:27017 mongo
# 启动Girder容器（链接MongoDB）
docker run -itd --link mongo -p 8080:8080 girder/girder:2.3.0-${GIRDER_PLUGIN_NAME} -d mongodb://mongo:27017/girder

访问http://localhost:8080进入Girder UI，管理员账号登录后启用插件即可使用。

开发环境配置

Docker开发模式

配置Girder为开发模式，文件变更自动触发重建：

bash
docker run -itd --link mongo -p 8080:8080 girder/girder:2.3.0-${GIRDER_PLUGIN_NAME} -d mongodb://mongo:27017/girder --mode development

Labs Workbench在线开发（可选）

通过NDS Labs Workbench无需本地安装即可开发：

1. 登录NDS Labs Workbench
2. 导入girder23应用，添加Girder实例与Cloud9 IDE
3. 配置Cloud9挂载Girder数据目录到/workspace
4. 启动服务后，在Cloud9终端克隆插件仓库到/workspace进行开发