cyverseuk/cutadapt

cutadapt镜像说明

镜像概述

本镜像封装了cutadapt工具，专注于高通量测序数据的预处理环节，帮助用户高效去除测序数据中的适配器序列、引物、poly-A尾巴等无关片段，为后续数据分析提供清洁的输入数据。

核心功能

• 精准识别并去除3'端/5'端适配器序列
• 移除引物、poly-A尾巴及低质量碱基
• 支持fastq等主流测序数据格式
• 提供灵活参数配置以适配不同实验场景

使用场景

• 基因组测序数据的预处理清洗
• 转录组RNA-seq数据的质量控制
• 宏基因组测序数据的杂质序列去除
• 其他高通量测序实验的数据预处理步骤

配置说明

通过命令行参数调整工具运行逻辑，关键参数包括：

• -a：设置3'端适配器序列
• -g：设置5'端适配器序列
• -o：指定输出文件路径
• --trim-n：去除序列末端的N碱基
• -q：设置质量阈值以修剪低质量碱基

Docker部署示例

查看工具帮助

bash
docker run --rm docker.xuanyuan.run/cyverseuk/cutadapt --help

处理单端fastq文件（去除3'端适配器）

bash
docker run --rm -v $(pwd):/data docker.xuanyuan.run/cyverseuk/cutadapt \
  -a AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA \
  -o /data/trimmed.fastq \
  /data/raw_input.fastq

Docker Compose配置示例

yaml
version: '3.8'
services:
  cutadapt_process:
    image: cyverseuk/cutadapt
    volumes:
      - ./local_data:/data
    command: [
      "-a", "ADAPTER_SEQ",
      "-q", "20",
      "-o", "/data/clean_data.fastq",
      "/data/raw_data.fastq"
    ]